私はいくつかのqPCR結果を処理していると私は生データは以下の通りであるR.に偽陽性の結果を削除したいと思います:特定の文字を削除行が、部分的に同じではない文字
Gene Sample Ct
aacC 1 27.57863
aacC1 1 23.64810
aacC2 1 28.65250
aacC4 1 34.21550
tetA 1 25.37649
tet(34) 1 29.39106
aacC 2 33.89373
aacC1 2 30.94777
aacC2 2 35.08097
aacC4 2 24.55223
tetA 2 11.88988
tet(34) 2 18.39641
aacC 3 30.64538
aacC1 3 27.13225
aacC2 3 11.72730
aacC4 3 23.60715
tetA 3 15.78128
tet(34) 3 12.49784
私はしたいと思います遺伝子「aacC」および「tet(34)」を除去する。私は期待結果は:
Gene Sample Ct
aacC1 1 23.64810
aacC2 1 28.65250
aacC4 1 34.21550
tetA 1 25.37649
aacC1 2 30.94777
aacC2 2 35.08097
aacC4 2 24.55223
tetA 2 11.88988
aacC1 3 27.13225
aacC2 3 11.72730
aacC4 3 23.60715
tetA 3 15.78128
Iは、次のようなコードを使用する:
false_signal<-c("aacC", "tet(34)")
ct<-ct[!grepl(paste(false_signal, collapse="|"), ct$Gene),]
をしかし、私は "AACC" を含むすべての遺伝子を除去し、TET(34)が残っていたが見つかりました。結果は次のとおりです。
Gene Sample Ct
tetA 1 25.37649
tet(34) 1 29.39106
tetA 2 11.88988
tet(34) 2 18.39641
tetA 3 15.78128
tet(34) 3 12.49784
あなたはコードで私を助けていただけますか?私はただ "aacC"と "tet(34)"を削除したいが、 "aacC1"、 "aacC2"、 "aacC4"は削除しない。私は "grep"機能を使って見逃したものかもしれないと思います。あなたのデータを想定し
を使うのでしょうか? '' aacC ''、 "tet(34)")、 " – zx8754
"または非常に単純に:ct_clean < - ct [Gene $ = "aacC"&ct $] Gene!= "tet(34)"、] – KoenV
完全一致には正規表現を使用しないでください。 –