Kohonenパッケージ：サンプルのエラー（1：nd、ng、replace = FALSE）

23サンプルの発現データ（約500遺伝子）に監督された自己組織化マップを実行しようとしています。 23個のサンプルを4つのグループに分けています。私は、これらの4つのグループにわたって類似の発現パターンを有する遺伝子のマップを取得したいと考えています。Kohonenパッケージ：サンプルのエラー（1：nd、ng、replace = FALSE）

supervizedモデリングのためのKohonenパッケージのxyf機能を使用して、

data.xyf<-xyf(data,Y=annotation)

私は次のようなエラーに遭遇：関数内でreplace=Tを呼び出すためにどこ

Error in sample(1:nd, ng, replace = FALSE) : cannot take a sample larger than the population when 'replace = FALSE'

私は見つけることができません。このトピックに関する情報はパッケージマニュアルにはありません。

出典

2012-04-08 aabecker

私はSOMのエキスパートではありませんが、データが不十分な大きすぎるモデルに合わせようとしている可能性があります。このSOの質問は興味深いかもしれません：http://stackoverflow.com/questions/1576075/kohonen-som-maps-in-r-tutorial –

あなたは明らかに観測よりも多くの細胞を持っている：あなたは、グリッドの寸法を小さくすることができますドキュメント?xyfの例のように（デフォルトは8 * 6です）。

xyf(data, Y=annotation, grid=somgrid(3,2))

出典

2012-04-08 09:32:22

このコメントはとても役に立ちました、ありがとう！ – aabecker

Kohonenパッケージ：サンプルのエラー（1：nd、ng、replace = FALSE）

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