Opencpuの呼び出しに予想以上の時間がかかります

Question

opencpuを使用してflexsurvパッケージから関数を呼び出そうとしています。私はOSX Sierraを実行しています。

私はプリロードパッケージのリストでflexsurv含めるように私のopencpu .confファイルを変更した：

{ 
"enable.api.library": true, 
"enable.api.apps": true, 
"enable.api.bioc": true, 
"enable.api.cran": true, 
"enable.api.gist": true, 
"enable.api.github": true, 
"enable.api.user": true, 
"enable.api.tmp": true, 
"enable.cors" : true, 
"enable.post.code": true, 
"error.showcall": true, 
"gist.cache": 300, 
"github.cache": 86400, 
"cran.cache": 86400, 
"public.url" : "https://public.opencpu.org/ocpu", 
"smtp.server" : "localhost", 
"httpcache.post": 300, 
"httpcache.lib": 86400, 
"httpcache.git": 900, 
"httpcache.gitapi": 120, 
"httpcache.tmp": 86400, 
"httpcache.cran": 86400, 
"httpcache.static": 31536000, 
"httpcache.bioc": 31536000, 
"key.length" : 9, 
"appspaths": "/usr/local/lib/opencpu/apps-library", 
"repos": "http://cran.rstudio.com", 
"rlimit.as": 2e9, 
"rlimit.fsize": 1e8, 
"rlimit.nproc": 50, 
"timelimit.get": 600, 
"timelimit.post": 90, 
"timelimit.webhook": 900, 
"preload": ["ggplot2", "lattice","survival","flexsurv"] 

}私は、オープンCPUを起動して、カールで次の呼び出し作る

：

を

curl localhost:7210/ocpu/library/flexsurv/R/pgompertz/json -d "q=[0,1,2,3]&shape=0.001&rate=0.001" -w "%{time_total}\n" -o /dev/null 

この呼び出しには、非常に単純で高速な関数呼び出しにもかかわらず、時間が全くかかりませんが、約1.4秒かかります。比較すると

、後半未満10,000ランダム正常サンプルリターンを描画するrnormを呼び出す：

curl localhost:7210/ocpu/library/stats/R/rnorm/json -d "n=100000" -w "%{time_total}\n" -o /dev/null 

なぜ比較的簡単なflexsurvコールはそんなに多くの時間がかかるのでしょうか？予圧は機能していませんか？もしそうなら、私はこれをどのように修正できますか？そうでない場合、追加レイテンシの原因は何ですか？

すべてのヘルプははるかに高く評価されています...

Answer 1

問題は、プリロードからはるかに大きなメリットを見ているopencpuのクラウド版を使用することによって解決しました。

ステップ：

1. https://docs.docker.com/engine/installation/mac/

2. 、docker pull opencpu/base

3. ファイル名を指定して実行]ドッキングウィンドウにドッキングウィンドウコンテナから端末セッション/ W docker run -t -i -p 80:80 -p 8004:8004 opencpu/base sh -c 'service opencpu restart && /bin/bash'
4. コールRをopencpu]ドッキングウィンドウコンテナをインストールしますインストールからMac用のドッキングウィンドウをインストールします。パッケージは必要に応じて
5. apt-getを使用して、ドッカーコンテナに選択したテキストエディタをインストールします。 sudo apt-get nano）
6. テキストエディタを使用して/etc/opencpu/server.confを編集し、事前にロードするために必要なパッケージを追加します。
7. 終了端子と新しいイメージ
8. 再起動]ドッキングウィンドウにコミットしてdocker run -t -p 80:80 -p 8004:8004 <your image name>
9. Opencpu今起動して実行し、プリロードされたパッケージへの呼び出しがはるかに高速に戻ります起動するには、ここの指示に従ってください。

答えるためにクレジットは、Googleグループの私を助け者、開発者のJeroen Oomsをopencpuに属し：https://groups.google.com/forum/#!topic/opencpu/D49Adx6GSiE