Bashで指定したパスでディレクトリを繰り返し処理する

Question

pathToBins=$1 

bins="${pathToBins}contigs.fa.metabat-bins-*" 

for fileName in $bins 
do 
    echo $fileName 

done 

私の目標は、ファイル名にパスを付けることです。パスを添付しないと、フォルダを繰り返し処理してファイル名を取得できます。私の挑戦は、パスのエコーfileNameを追加すると私の正規表現はもはや動作しなくなり、私は "/home/erikrasmussen/Desktop/Scr​​ipt/realLargeMetaBatBinscontigs.fa.metabat-bins-*"という正規表現 '*'が文字列。どのようにファイルのフォルダを反復処理中にパスとフルファイル名を取得できますか？

Answer 1

私は本当にあなたのファイルがハードドライブ上に配置されている方法を知りませんが、"/home/erikrasmussen/Desktop/Script/realLargeMetaBatBinscontigs.fa.metabat-bins-*"でカジュアルな一見はそれがcontigs前/が欠落していることを示唆しています。その場合は、その後、あなたがビンのあなたの定義を変更する必要があります。しかし

bins="${pathToBins}/contigs.fa.metabat-bins-*" 

、それは代わりに空白やメタ文字を含まないように、ファイル名に頼るのではbashの配列を使用してはるかに堅牢です。だから私はお勧めします：

bins=(${pathToBins}/contigs.fa.metabat-bins-*) 
for fileName in "${bins[@]}" 
do 
    echo "$fileName" 
done 

バッシュは、通常、その場合にはあなたがオリジナルのパターンが表示されますので、任意のファイルと一致しないパターンを展開しません。上記の配列形式を使用する場合は、bashオプションnullglobを設定すると、不一致パターンが消えて空の配列が残ってしまいます。