正規表現「>」

は、私のようなDNA含む、file.fasをファイルを持っています。理想的には正規表現「>」

>1 CHROMOSOME "rest of header" 
ATTCTGAGATCTGAGATCTGAGATCTGAGA 

>1 CHROMOSOME "rest of header" 
TCTGAGATCTATTCTGAGATCTATTCTGAGATCT

を、私はそれが見えるように、「Chr関数1」と「1」を置き換えたいですlike：

>Chr1 CHROMOSOME "rest of header" 
ATTCTGAGATCTGAGATCTGAGATCTGAGA 

>Chr1 CHROMOSOME "rest of header" 
TCTGAGATCTATTCTGAGATCTATTCTGAGATCT

私は最初にsedで試してみました。

grep '>1' -f file.fas

ただし、動作しません。誰にも理由がないのですか？

出典

2017-07-04 Dymphy

は、あなたがしようとした 'sed'のコードを追加し、このコマンド...' grep'は検索用です交換しない – Sundeep

file.fas '> CHR 1 @ G @ S @> 1' sedのだろう仕事 –

何がうまくいかない？ '"> "'は正規表現では特別ではありません。 – AlexP

使用

sed '[email protected]>[email protected]>[email protected]' file.fas 


s - means substituion 

@ - seperator 

>1 - pattern to search for and replace 

@ - seperator 

>Chr1- pattern to substitue 

@ - sperator 

g - substitute all occurences

出典

2017-07-04 11:49:27

ありがとうございます！それが助けになった！私は、時間ブロックが解除されたときに答えを「受け入れる」つもりです。 :) – Dymphy

それが助けてくれたことを知りました。ありがとう:) –

答えを受け入れてくれてありがとう。あなたは答えをアップアップしてください。 –

答えて

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