2013-02-15 3 views
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私はRで、パッケージの次のセットをロードRバージョン2.15.1(2012-06-22)とmgcvバージョン1.7から22Rパッケージmgcvとの互換性に関する既知の問題はありますか?互換性に関する一般的なルールはありますか?

を使用します。

 

library(sqldf) 
library(timeDate) 
library(forecast) 
library(xts) 
library(tseries) 
library(MASS) 
library(mgcv) 
 

私が実行できないことが起こりますシンプルなモデル(私はコードを省略します)。ヘルプページから取られたとしても、サンプルコード:私はちょうどパッケージmgcvをロードし、その後すぐに、サンプルコードを使用する場合、すべてが、正常に動作することを

 

Error in qr.qty(qrc, sm$S[[l]]) : 
    NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 5) 
In addition: Warning message: 
In smoothCon(split$smooth.spec[[i]], data, knots, absorb.cons, scale.penalty = scale.penalty, : 
    number of items to replace is not a multiple of replacement length 
 

注:

 

dat = gamSim(1,n=400,dist="normal",scale=2) 
b = gam(y~s(x0)+s(x1)+s(x2)+s(x3),data=dat) 
 

はエラーになります。また、すべてのパッケージをロードしてサンプルコードを実行するだけで動作します。 I

  1. 負荷のすべてのパッケージ
  2. は、いくつかのファイルの読み込み、sqldf文、TSの操作とパッケージ予報からいくつかのモデルをすれば、それだけでは動作しません。
  3. GAMを適用してもそれ以上は機能しません。

明らかに一般的な環境の変数定義は、パッケージの機能を混乱させます。

は、既知の問題はありますか?いろいろなパッケージを読み込んだら、私が従わなければならない一般的な規則はありますか?パッケージmgcvを「妨害する」コードを書くことはできますか?

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あなたのステップ(2)はやや曖昧です。おそらく、問題を引き起こすより具体的なものに絞り込む必要があります。 – joran

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誤って他のgamパッケージをmgcvでロードすると、同様のエラーメッセージが表示されました。両方が同時にロードされていないことを確認してください – Meso

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@Meso:他のGAMパッケージはどういう意味ですか? – Richard

答えて

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ロードmgcvは奇妙なしかし、真の...私の問題を解決しました。

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これは一般的なルールです。機能名のルックアップの上位ランク付けが必要なパッケージを最初にロードする必要がありますか? – Richard

2

リチャード@ 2つのGAM関連のパッケージがあります:GAMとmgcvが。両方のライブラリを同時にロードすると、通常競合が発生します。最初のパッケージとして

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、CausalGAM、ddepn、GAMens、LSC、MapGAM、mtsdi、ProDenICA、PSCL、RPPanalyzer、xpose4、xpose4specific –

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@Ben Bolker私は私が間違っていたことを認めます。リストのなかから聞いたことはありません。私は環境疫学で働き、GAMとmgcvは主に使用されているものです。あなたが間違っていることを意味するものではありません – Meso

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のおかげでチェーンに複数のリンクが存在する可能性があります。すなわち、これらのパッケージの1つが、OPが直接ロードされた他のパッケージによってロードされる可能性があります... –

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