Rデータフレームを特定の列の標準偏差でソートする方法は？

Question

Rには実験データを記述した9つの名前付き列を持つデータフレームがあります。最初の列は遺伝子名を含み、次の8列は遺伝子発現値を含む。究極の目標は、データフレームを表現値の標準偏差でソートすることです。

基本的には、2〜9列の標準偏差を計算し、これらの値に従ってデータフレーム全体をソートする必要があります。どうやってやるの？

最初の考えは、sd()関数を使用して計算された標準偏差の10番目の列を追加し、次にテーブルをソートして最後に10番目の列を再度削除することでした。しかし、私はそれを行う方法を理解することはできません。

Answer 1

キーコマンドは、apply,order、一部の行の並び替えです。

##Create some dummy data 
##You should always try and include some test data in your questions 
R> dd = as.data.frame(matrix(rnorm(80), ncol=8)) 
R> dd = cbind(GENE = LETTERS[1:10], dd) 
R> head(dd, 2) 
    GENE V1  V2  V3  V4  V5  V6  V7  V8 
1 A 1.693 1.2977 1.2220 0.4877 -1.7076 1.7796 0.7980 0.08643 
2 B 1.987 0.1545 -0.2173 -0.5959 0.7274 0.2757 -0.5391 0.56054 

##Work out the sd for columns 2 to 9 using apply 
##Use "order" to reorder the rows 
R> dd1 = dd[order(apply(dd[,2:9], 1, sd)),] 
##Check the new order 
R> apply(dd1[,2:9], 1, sd) 
    8  7  5  9  2  1  4  6  10  3 
0.5197 0.7128 0.8149 0.8210 0.8624 0.8808 0.9804 1.2058 1.5086 1.6191 
R> head(dd1, 2) 
    GENE  V1  V2  V3  V4  V5  V6  V7  V8 
8 H -0.3869 0.6206 0.279 -0.3867 -0.4915 -1.0979 -0.07696 -0.09097 
7 G -1.2966 -1.1279 -1.082 -0.4739 0.2717 -0.1365 0.38614 0.38445 

Answer 2

これは列の標準偏差を計算するための最速かつ最短の方法である：

colSds = sqrt(diag(cov(data_matrix))) 

共分散行列の対角の各変数の分散で構成されているので、私たちは次

• cov
• MATRの対角線を抽出を用いた共分散行列を計算IX diag
• 使用します。次に、特定の列sdを取得するためにcolSds[column_index]を使用することができ、標準偏差

を得るためにsqrtを使用して、対角の値の平方根を取ります。