setuptoolsを使用して外部Cライブラリを呼び出すcythonパッケージを作成する

Question

myPackageというパッケージをコンパイル、インストール、実行しようとしています。ライブラリfftwから関数fftw_set_timelimit()を呼び出す*.pyxファイルが含まれています。現在、私は次のエラーメッセージを取得し、パッケージをインポートするスクリプトclientScript.py実行すると：私は（私はPythonとcythonにはかなり新しいです）、Cライブラリとのリンクがまだない理解し何から

Traceback (most recent call last): 
    File "clientScript.py", line 5, in <module> 
    import myPackage.myModule 
ImportError: /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/myPackage/myModule.so: undefined symbol: fftw_set_timelimit 

を私のパッケージで実行されます。あなたは私のsetup.pyファイルがsetuptoolsを使用して見ることができるように

from setuptools import setup,find_packages 
from Cython.Build import cythonize 
import os 

setup(
    name = "myPackage", 
    version = "0.0.1", 
    url = "none", 
    author = "me", 
    author_email = "me@me.me", 
    packages=find_packages(), 
    ext_modules = cythonize("pyClo/pyClo.pyx"), 
) 

：確かに、私のsetup.pyファイルは、次のようになります。私はそれがPython Packaging User Guideによって推奨されているので、そうすることにしました。ただし、Cython documentationの指示には代わりにdistutilsを使用してください。ライブラリをリンクするには、distutils.Extension('file',['file.pyx'],libraries='fftw')を呼び出します。 setuptoolsを使用して同じ結果を達成するにはどうすればよいですか？

Answer 1

setuptoolsはdistutils.extension.Extensionモジュールと同じ方法で使用されるモジュールsetuptools.extension.Extensionを持っています。最後に

、setup.pyファイルは次のようになります。ここでは

from setuptools import setup, find_packages 
from setuptools.extension import Extension 
from Cython.Build import cythonize 

extensions = [ 
    Extension(
     "myPackage.myModule", 
     ["myPackage/myModule.pyx"], 
     include_dirs=['/some/path/to/include/'], # not needed for fftw unless it is installed in an unusual place 
     libraries=['fftw3', 'fftw3f', 'fftw3l', 'fftw3_threads', 'fftw3f_threads', 'fftw3l_threads'], 
     library_dirs=['/some/path/to/include/'], # not needed for fftw unless it is installed in an unusual place 
    ), 
] 

setup(
    name = "myPackage", 
    packages = find_packages(), 
    ext_modules = cythonize(extensions) 
) 

を私のインストールディレクトリの概要は次のとおりです。

myModule.pyxは fftw_set_timelimit()を呼び出すファイルです

. 
├── MANIFEST.in 
├── myPackage 
│   └── myModule.pyx 
├── README.rst 
└── setup.py 

。

MANIFEST.inは含まれています

include myPackage/*.* 

とREADME.rstは単なるプレーンテキストファイルです。