deSolve :: lsodaからのエラーを抑制する

Question

私は近似ベイジアン計算を使用するいくつかのアルゴリズムを実行しています（例えばToni et al。、2009を参照）。これらは、Lotka-Volterraの方程式をランダムに生成された入力パラメーター。私はdeSolve packageからlsoda関数を使用しています。

時々、この関数はエラーをスローし、これは動作しないようですが、try(..., silent = TRUE)関数を使用してこれを無視することを望んでいました（下記の例を参照）。設定options(show.error.messages = FALSE)も動作しません。

deSolve :: lsodaからのエラーメッセージの印刷を抑制するにはどうすればよいですか？ deSolveでビネットの44ページで

require(deSolve) 

# Differential equations defining the system 
LV <- function(Time, State, Pars){ 

    with(as.list(c(State, Pars)), { 

    dx <- a*x - x*y 
    dy <- b*x*y - y 

    return(list(c(dx, dy))) 
    } 
    ) 
} 

# Parameters 
pars <- c(a = 1.0, b = 1.0) 

# Initial conditions 
init <- c(x = 1.0, y = 0.5) 

# Time steps 
times <- seq(0, 15, length.out = 100) 

problem_seeds <- c(7, 241, 361, 365, 468, 473, 649, 704, 724, 745, 838) 

for (i in problem_seeds){ 
    set.seed(i) 

    # Sample from pi(theta), prior for parameter vector (a, b) 
    theta_star <- runif(2, -10, 10) 
    names(theta_star) <- c("a", "b") 

    # Simulate a dataset using these parameters (at the specified times) 
    try(out <- lsoda(func = LV, 
      y = init, 
      parms = theta_star, 
      times = times), 
      silent = TRUE) 
    dfs <- as.data.frame(out) 
} 

Answer 1

ルックは、この種のエラーはhereに記載されています。

この問題は、ソリューションの絶対許容誤差を小さくすることで解決できます。あなたの例では、次のようなアプローチは動作します：

out <- lsoda(func = LV, 
      y = init, 
      parms = theta_star, 
      times = times, 
      atol = 1e-3) 

注：data.frame dfsはループごとに上書きされ、あなたはdata.frame中problem_seedsの出力をしたい場合、あなたはのfuinctionを実行することができますapplyファミリー。そして今からtry機能は必要ありません。