Rcpp使用時の未定義参照

Question

WindowsでCライブラリのラッパー（gslを使用する）であるRパッケージをビルドしようとしています。必要に応じてLinuxに移行することができます。 Cライブラリのmakeコマンドは、Makevars.inに入れてください。 RstudioのRcppスケルトン機能を使ってパッケージを作成しました。私はRtools 3.3をインストールし、R 3.3.1を使用しました。

そして、RcppとRcppGSLをDESCRIPTIONのLinkingToフィールドに含めました。私はまだ

c:/Rtools/mingw_64/bin/g++ -shared -s -static-libgcc -o RGraphM.dll tmp.def graphmatch_rcpp.o RcppExports.o -L../inst -lgraphm -LC:/tools/gsl/lib/x64 -lgsl -lgslcblas -Ld:/Compiler/gcc-4.9.3/local330/lib/x64 -Ld:/Compiler/gcc-4.9.3/local330/lib -LC:/PROGRA~1/R/R-33~1.1/bin/x64 -lR 
#cd graphm && /usr/bin/make 
c:/Rtools/mingw_64/bin/g++ -O2 -Wall -mtune=core2 graphmatch_rcpp.o RcppExports.o ../inst/libgraphm.a -L../inst -lgraphm -LC:/tools/gsl/lib/x64 -lgsl -lgslcblas 
graphmatch_rcpp.o: In function `PreserveStorage': 
C:/Users/sadali/Documents/R/win-library/3.3/Rcpp/include/Rcpp/storage/PreserveStorage.h:10: undefined reference to `__imp_R_NilValue' 
graphmatch_rcpp.o: In function `Vector': 
C:/Users/sadali/Documents/R/win-library/3.3/Rcpp/include/Rcpp/vector/Vector.h:58: undefined reference to `Rf_allocVector' 
graphmatch_rcpp.o: In function `Rcpp_ReplaceObject': 

を次のようにエラーの数である。この（私の目で）同様の質問への答えは適用できない Undefined reference errors when including Rcpp.hであるように思わ

$(CXX) $(CXXFLAGS) $(OBJECTS) ../inst/libgraphm.a $(PKG_LIBS) 

makeコマンドのために未定義の参照のエラーを取得しています 私はLinkingToを使用していて、Rパッケージを作成しようとしています

編集：最初の回答として、私は次のMakevars.winでRcppZigguratを構築しようとしました：

PKG_CPPFLAGS = -I. -I../inst/include -IC:/tools/gsl/include 
## Use the R_HOME indirection to support installations of multiple R version 
PKG_LIBS = $(LDFLAGS) -L../inst -L$(LIB_GSL)/lib/x64 $(shell "${R_HOME}/bin${R_ARCH_BIN}/Rscript.exe" -e "RcppGSL:::LdFlags()") 

これらのエラーが発生しています。

ziggurat.o:ziggurat.cpp:(.text+0x86): undefined reference to `gsl_rng_free' 

ziggurat.o:ziggurat.cpp:(.text+0xa6): undefined reference to `gsl_rng_free' 
ziggurat.o:ziggurat.cpp:(.text+0xc6): undefined reference to `gsl_rng_free' 
ziggurat.o:ziggurat.cpp:(.text+0x1254): undefined reference to `gsl_rng_set' 

Answer 1

あなたは、これがどのように動作するかの誤解があります

1. DESCRIPTIONのLinkingTo:フィールドは、その名前にもかかわらず、リンクしませんが。ヘッダーファイルのみに役立ちます。だからあなたのパッケージはでコンパイルされましたが、リンクされませんでした。

2. リンカーの手順が必要です。これまでに述べたように、mvabundとRcppZigguratパッケージは両方ともRcppGSLのツールを使用してGSLにリンクします。

RcppZigguratは、小さいほど良い例である。 RcppGSLにはan entire example packageも含まれています。これは参考として、またユニットテストでも使用しています。

Answer 2

私は窓が正常にMakevars.win https://github.com/adalisan/RGraphM/blob/master/src/Makevars.win.gen

ために、このテンプレートを使用して実行している構築し、事前に構築されたGSLウィンドウライブラリが置かれていたら、このスクリプトはMakevars.win https://github.com/adalisan/RGraphM/blob/master/configure.win

を作成し、取得することができましたenvで定義されたディレクトリにある。 var LIB_GSLでは、コンパイルとリンクの両方の手順が有効でした。

一つの小さな問題は、事前に構築されたライブラリdownloaded hereためのzipファイルにはあなたが右のバージョンとその-L"$(LIB_GSL)\lib\$(ARCH)"引数に対してリンクすることを確認する必要があります 二つのサブアーキテクチャ（i386およびx64）のための2つのサブディレクトリがある含まれていることですリンカーの呼び出しでは、サブアーチの正しいディレクトリに評価されます。 gslベースのコードのパッケージ化を容易にするためのRcppとRcppGSLの作成者に感謝します。