行列の各行で複数の関数を実行し、結果を新しいデータフレームに追加します。

Question

行列があります。データの例：

注：実際の行列では、行の名前はその行の値に関連付けるために重要なプロット番号です。

マトリックスの各行にさまざまな機能（ビーガンパッケージの多様性機能）を実行したいと考えています。機能には以下が含まれます。

library(vegan) 
div1<- diversity(matrix, index="shannon") 
div2<- diversity(matrix, index="simpson") 
div3<- exp(diversity(matrix,index="shannon")) 
div4<- 1/(1-diversity(matrix,index="simpson")) 
spec.num<- specnumber(matrix) 

出力はデータフレームでなければなりません。このデータフレームの各列は、ユニークな多様性指標を表します。

Rownames  div1  div2 div3 div4  spec.num 
    Plot1  2.995732 0.95 20  20   20 
    Plot34 2.995732 0.95 20  20   20 
    Plot56 2.995732 0.95 20  20   20 
    Plot60 2.995732 0.95 20  20   20 

注：出力は次のようになり、私の実際のデータのために行列の行は、各列の一意の値を持っている私の例が示すように、彼らが繰り返されることはありません。したがって、div3、div4、spec番号の出力は、必ずしもこの出力例に示す値と同じではありません。

Answer 1

library(vegan) 

matrix<- matrix(sample(1:10), nrow= 10,ncol=20) 
#rownames(matrix) <- paste0("plot", 1:nrow(matrix)) ## this is/was merely an illustration on carrying rownames forward 

df <- data.frame(div1=diversity(matrix, index="shannon"), div2=diversity(matrix, index="simpson"), 
     div3=exp(diversity(matrix,index="shannon")), div4=1/(1-diversity(matrix,index="simpson")), spec.nu=specnumber(matrix), row.names = rownames(matrix)) 

Answer 2

あなたは結果を列バインドするだけですか？

# if you set your sampling range to be 1:1000 these diversity values are no longer constant 
mtx <- matrix(sample(1:1000), nrow= 10,ncol=20) # I like to avoid like names 
#install.packages("vegan") 
library(vegan) 
div1<- diversity(mtx, index="shannon") 
div2<- diversity(mtx, index="simpson") 
div3<- exp(diversity(mtx,index="shannon")) 
div4<- 1/(1-diversity(mtx,index="simpson")) 
spec.num<- specnumber(mtx) 
cbind(div1, div2, div3, div4, spec.num) # cbinding equal length vectors into a data.frame/matrix 
#cbind.data.frame()