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いくつかの炭素 - 水素結合の順序パラメータを計算し、それらの値を出力するスクリプトを作成しようとしています。数学は簡単ですが、最後に値を平均化しようとすると「初期化されていない値を使用する」エラーが表示されます。 私はこのエラーがどのくらい一般的で簡単に修正されているのかよく知っていますが、すべての値をチェックしました。すべての9212の値があります（それぞれを印刷してExcel文書に入れ、空のセルを検索します）。私は紛失しており、さらにデバッグする方法がわかりません。Perlすべての値が初期化されたときに加えて初期化されていない値の使用
スクリプトは入力ファイルを受け取り、行単位で移動し、特定の文字列がある場合はx、y、z座標をとり、これらの座標（2つのベクトルとz軸の間の角度を求めます）それぞれの$整数部分を平均しているので（すべての2の平均など）これは3つのセグメント（2-8,9-10、および11-18）に対して行い、2つの配列（@theta_valuesと@ theta2_values）に保存し、最後にそれぞれの "整数"を平均して、ベクトルおよびz軸を含む。 合計で34個の値が出力されるはずですが、それぞれの値には「angle_checker_v3.pl行334、行34303に「+」の初期化されていない値を使用しています。エラーとなり、最初のもの以外のすべての平均値は小さすぎます。
参照のため、334行目は平均値で、34303行目はファイルの最終行です。
いくつかのサンプルデータは、次のようになります。物質（関係ありません）、原子番号、原子の種類を：
ATOM 2199 C22 POPC 1 -9.427 11.863 11.706 1.00 0.00 MEMB
ATOM 2200 H2R POPC 1 -10.347 11.662 12.293 1.00 0.00 MEMB
ATOM 2201 H2S POPC 1 -8.968 10.895 11.443 1.00 0.00 MEMB
ATOM 2211 C23 POPC 1 -9.801 12.641 10.423 1.00 0.00 MEMB
ATOM 2212 H3R POPC 1 -10.136 13.667 10.696 1.00 0.00 MEMB
ATOM 2213 H3S POPC 1 -10.658 12.124 9.934 1.00 0.00 MEMB
ATOM 2214 C24 POPC 1 -8.663 12.751 9.396 1.00 0.00 MEMB
ATOM 2215 H4R POPC 1 -7.763 13.166 9.894 1.00 0.00 MEMB
ATOM 2216 H4S POPC 1 -8.961 13.479 8.607 1.00 0.00 MEMB
*私は意図的に列が表すために上記
を問題ではありませんでした10個の原子をスキップ残基番号、x座標、y座標、z座標、アルファ番号（関連性がない）、ベータ列（関連性がない）、および全体的な分子タイプを含む。
TLDR; マイ平均スクリプト：
#Averaging theta values
for (my $t=2; ($t <= 18); $t++) {
for (my $j=1; ($j <= $lipid_num); $j++) {
$sum[$t]= $theta_values[$t][$j] + $sum[$t];
}
$average[$t]= $sum[$t]/$lipid_num;
print "Average theta for carbon $t is $average[$t]\n";
}
#Averaging Theta2 values
for (my $q=2; ($q <= 18); $q++) {
for (my $b=1; ($b <= $lipid_num); $b++) {
$sum2[$q]= $theta2_values[$q][$b] + $sum2[$q];
}
$average2[$q]= $sum2[$q]/$lipid_num;
print "Average theta2 for carbon $q is $average2[$q]\n";
}
は、私はすべての位置での値があることを確認しているにもかかわらず、すべての位置での値を見つけることができません。
これは完全なスクリプトです。私はそれがどれほど大きいかを認識しています。
#Usage: #
# perl angle_checker.pl [granuphilin_prot-memb_system].pdb
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Math::Trig;
my $inputfile = $ARGV[0];
open (INPUTFILE, "<", $inputfile) or die $!;
my @data = <INPUTFILE>;
#Quick Change Variables
my $lipid_num = 256;
#Library
my @sum;
my @average;
my @sum2;
my @average2;
my @x1;
my @y1;
my @z1;
my $R = 'R';
my $S = 'S';
my $one = '1';
my @theta_values;
my @theta2_values;
my @vectorCtoHR;
my @vectorCtoHS;
my @normal;
#Start for lipid count
for (my $lipid=1; ($lipid <= $lipid_num); $lipid++) {
# First Carbon/Integer counter
for (my $integer= 2; ($integer <= 8); $integer++) {
#Split line 1
for (my $line = 0; $line <= $#data; ++$line) {
#Search 1.1
if(($data[$line] =~ m/\s+C2$integer\s+/)&&($data[$line] =~ m/\s+$lipid\s+/)&&($data[$line] =~ m/\s+POPC\s+/)) {
chomp $data[$line];
my @splitline = (split /\s+/, $data[$line]);
foreach (@splitline) {
$x1[0]= $splitline[5];
$y1[0]= $splitline[6];
$z1[0]= $splitline[7];
}
}
#Search 1.2
if(($data[$line] =~ m/\s+H$integer$R\s+/)&&($data[$line] =~ m/\s+$lipid\s+/)&&($data[$line] =~ m/\s+POPC\s+/)) {
my @splitline = (split /\s+/, $data[$line]);
foreach (@splitline) {
$x1[1]= $splitline[5];
$y1[1]= $splitline[6];
$z1[1]= $splitline[7];
}
}
#Search 1.3
if(($data[$line] =~ m/\s+H$integer$S\s+/)&&($data[$line] =~ m/\s+$lipid\s+/)&&($data[$line] =~ m/\s+POPC\s+/)) {
my @splitline = (split /\s+/, $data[$line]);
foreach (@splitline) {
$x1[2]= $splitline[5];
$y1[2]= $splitline[6];
$z1[2]= $splitline[7];
}
}
}
#Z-axis
$normal[0]= 0;
$normal[1]= 0;
$normal[2]= 100;
#Vector 1
$vectorCtoHR[0]=($x1[0] - ($x1[1]));
$vectorCtoHR[1]=($y1[0] - ($y1[1]));
$vectorCtoHR[2]=($z1[0] - ($z1[1]));
#Vector 2
$vectorCtoHS[0]=($x1[0] - ($x1[2]));
$vectorCtoHS[1]=($y1[0] - ($y1[2]));
$vectorCtoHS[2]=($z1[0] - ($z1[2]));
#First Angle
my $x1mag = sqrt(($vectorCtoHS[0]**2)+($vectorCtoHS[1]**2)+($vectorCtoHS[2]**2));
my $x2mag = sqrt(($normal[0]**2)+($normal[1]**2)+($normal[2]**2));
#Dot product
my $dotproduct = (($vectorCtoHS[0]*$normal[0])+($vectorCtoHS[1]*$normal[1])+($vectorCtoHS[2]*$normal[2]));
my $theta = acos($dotproduct/($x1mag*$x2mag));
$theta_values[$integer][$lipid]= $theta;
# Second Angle
my $x3mag = sqrt(($vectorCtoHR[0]**2)+($vectorCtoHR[1]**2)+($vectorCtoHR[2]**2));
my $dotproduct2 = (($vectorCtoHR[0]*$normal[0])+($vectorCtoHR[1]*$normal[1])+($vectorCtoHR[2]*$normal[2]));
my $theta2 = acos($dotproduct2/($x3mag*$x2mag));
$theta2_values[$integer][$lipid]= $theta2;
}
#Section 2 Search These only have one hydrogen to search for, hence 1 less search
for (my $integer = 9; ($integer <= 10); $integer++) {
for (my $line = 0; $line <= $#data; ++$line) {
if(($data[$line] =~ m/\s+C2$integer\s+/)&&($data[$line] =~ m/\s+$lipid\s+/)&&($data[$line] =~ m/\s+POPC\s+/)) {
chomp $data[$line];
my @splitline = (split /\s+/, $data[$line]);
foreach (@splitline) {
$x1[0]= $splitline[5];
$y1[0]= $splitline[6];
$z1[0]= $splitline[7];
}
}
if(($data[$line] =~ m/\s+H$integer$one\s+/)&&($data[$line] =~ m/\s+$lipid\s+/)&&($data[$line] =~ m/\s+POPC\s+/)) {
my @splitline = (split /\s+/, $data[$line]);
foreach (@splitline) {
$x1[1]= $splitline[5];
$y1[1]= $splitline[6];
$z1[1]= $splitline[7];
}
}
}
$normal[0]= 0;
$normal[1]= 0;
$normal[2]= 100;
$vectorCtoHR[0]=($x1[0] - ($x1[1]));
$vectorCtoHR[1]=($y1[0] - ($y1[1]));
$vectorCtoHR[2]=($z1[0] - ($z1[1]));
my $x1mag = sqrt(($vectorCtoHR[0]**2)+($vectorCtoHR[1]**2)+($vectorCtoHR[2]**2));
my $x2mag = sqrt(($normal[0]**2)+($normal[1]**2)+($normal[2]**2));
#Dot product
my $dotproduct = (($vectorCtoHR[0]*$normal[0])+($vectorCtoHR[1]*$normal[1])+($vectorCtoHR[2]*$normal[2]));
my $theta = acos($dotproduct/($x1mag*$x2mag));
$theta_values[$integer][$lipid]= $theta;
$theta2_values[$integer][$lipid]= $theta;
}
#Effectively the same as section 1
for (my $integer= 11; ($integer <= 18); $integer++) {
for (my $line = 0; $line <= $#data; ++$line) {
if(($data[$line] =~ m/\s+C2$integer\s+/)&&($data[$line] =~ m/\s+$lipid\s+/)&&($data[$line] =~ m/\s+POPC\s+/)) {
chomp $data[$line];
my @splitline = (split /\s+/, $data[$line]);
foreach (@splitline) {
$x1[0]= $splitline[5];
$y1[0]= $splitline[6];
$z1[0]= $splitline[7];
}
}
if(($data[$line] =~ m/\s+H$integer$R\s+/)&&($data[$line] =~ m/\s+$lipid\s+/)&&($data[$line] =~ m/\s+POPC\s+/)) {
my @splitline = (split /\s+/, $data[$line]);
foreach (@splitline) {
$x1[1]= $splitline[5];
$y1[1]= $splitline[6];
$z1[1]= $splitline[7];
}
}
if(($data[$line] =~ m/\s+H$integer$S\s+/)&&($data[$line] =~ m/\s+$lipid\s+/)&&($data[$line] =~ m/\s+POPC\s+/)) {
my @splitline = (split /\s+/, $data[$line]);
foreach (@splitline) {
$x1[2]= $splitline[5];
$y1[2]= $splitline[6];
$z1[2]= $splitline[7];
}
}
}
$normal[0]= 0;
$normal[1]= 0;
$normal[2]= 100;
$vectorCtoHR[0]=($x1[0] - ($x1[1]));
$vectorCtoHR[1]=($y1[0] - ($y1[1]));
$vectorCtoHR[2]=($z1[0] - ($z1[1]));
$vectorCtoHS[0]=($x1[0] - ($x1[2]));
$vectorCtoHS[1]=($y1[0] - ($y1[2]));
$vectorCtoHS[2]=($z1[0] - ($z1[2]));
#First Angle
my $x1mag = sqrt(($vectorCtoHS[0]**2)+($vectorCtoHS[1]**2)+($vectorCtoHS[2]**2));
my $x2mag = sqrt(($normal[0]**2)+($normal[1]**2)+($normal[2]**2));
#Dot product
my $dotproduct = (($vectorCtoHS[0]*$normal[0])+($vectorCtoHS[1]*$normal[1])+($vectorCtoHS[2]*$normal[2]));
my $theta = acos($dotproduct/($x1mag*$x2mag));
$theta_values[$integer][$lipid]= $theta;
}
print "done with $lipid\n";
#End of lipid search
}
#Averaging starts now
#Averaging theta values
for (my $t=2; ($t <= 18); $t++) {
for (my $j=1; ($j <= $lipid_num); $j++) {
$sum[$t]= $theta_values[$t][$j] + $sum[$t];
}
$average[$t]= $sum[$t]/$lipid_num;
print "Average theta for carbon $t is $average[$t]\n";
}
#Averaging Theta2 values
for (my $q=2; ($q <= 18); $q++) {
for (my $b=1; ($b <= $lipid_num); $b++) {
$sum2[$q]= $theta2_values[$q][$b] + $sum2[$q];
}
$average2[$q]= $sum2[$q]/$lipid_num;
print "Average theta2 for carbon $q is $average2[$q]\n";
}
入力データファイルをどこかに投稿することはできますか？これがなければ、問題を局所的に再現することができず、デバッグが難しくなります。 – Marty
'@ sum'と' @ sum2'配列をすべてゼロに初期化しようとしますか？ – xxfelixxx
また、 '$ q'を2から18まで繰り返します。' @ sum'と '@ sum2'配列の0と1の位置をスキップすることを意味しますか？あなたが何かをしない限り、これらは初期化されません。 – xxfelixxx