Linux環境でFSLコマンドを実行する際の問題

Question

バージョン4.1.8を使用して、FSLを初めて使用しました。 *.niiファイルを読み込んで生成するスクリプトを実行しようとしていますが、通常はFSLでサポートされています。 FSL関数probtrackxをMatlabから呼び出しています。

** ERROR (nifti_image_read): failed to find header file for '~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001' 

** ERROR: nifti_image_open(~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001): bad header info 

ERROR: failed to open file ~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001 

ERROR: Could not open image ~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001 

のファイルが存在しますが、FSLがそれらを認識するために失敗します。しかし、私は*.niiファイルを生成するか認識することができない、一見、次のエラーメッセージが表示されます。どのように問題を修正し、FSLを正しく動作させるかについての助けがあれば幸いです。私はそれがLinux設定の問題だと思うが、それを修正する方法がわからない。以前の投稿の関連する問題の解決策は、ls='ls --color=auto'を追加することを提案しました。私はそれを利用しようとしました。

Answer 1

一部のFSLツールでは、$FSLDIR unix環境変数が設定されていることを前提としていますが、これはMATLAB環境には当てはまりません。 setenv('FSLDIR', '/usr/local/fsl')（あなたのFSLインストールが別の場所にある場合はもちろん修正されています）などで修正できます。また、通常のFSLセットアップスクリプトも実行する必要があります（system('. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh')）。参照：http://www.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fsl/downloading.html。代わりに、より複雑なprobtrackxスクリプトの

は、最初にしようとする他の事は単純です：

system('fslhd ~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001') 

これは、同じエラーで失敗した場合は、あなたは間違ってデータへのパスを入力したことを知っています。たとえば、..がそこにあることを意味しますか？コメントやソリューションを提案してhttps://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A0=fsl