knitrは、私はRStudioで、次のチャンク持っseqHMMパッケージ

Question

からssplotで空の図を追加します。

<<sumfig,dependson='data',fig.cap="Summary of sequences">>= 
ssplot(smult) 
@ 

ssplotを周波数グラフを作成し、smultは私の配列データであるseqHMMパッケージ内の関数です。

私のコードを実行すると、自分のpdfに2桁の数字が表示されます。最初の数字は白い図形で、{fig:sumfig1}というラベルが付いています。また2番目の数字は{fig:sumfig1}のラベルです。私はこのパッケージの他のプロットと同様の経験を持っています。私はまた、うまく動作する他のパッケージから私のファイル内のいくつかの他のグラフがあります。

パッケージに問題がありますか、何か間違っていますか？

Answer 1

この問題の根はseqHMM:ssplot、ないknitrのようです。でも、インタラクティブsesionに、ssplotは2つのプロット、空の実際のプロットを生成します。

チャンクにssplotのプロットが1つしかない場合は、chunk optionfig.keep = "last"を使用して、最初のプロットを無視して2番目の（最後の）プロットを表示することができます。 knitr1.14（GitHubで利用できる現在の開発版）のよう

\documentclass{article} 
\begin{document} 

<<echo = FALSE, message = FALSE, fig.keep = "last">>= 
library(seqHMM) 

# from ?ssplot 
data("biofam3c") 

# Creating sequence objects 
child_seq <- seqdef(biofam3c$children, start = 15) 
marr_seq <- seqdef(biofam3c$married, start = 15) 
left_seq <- seqdef(biofam3c$left, start = 15) 

## Choosing colors 
attr(child_seq, "cpal") <- c("#66C2A5", "#FC8D62") 
attr(marr_seq, "cpal") <- c("#AB82FF", "#E6AB02", "#E7298A") 
attr(left_seq, "cpal") <- c("#A6CEE3", "#E31A1C") 


# Plotting state distribution plots of observations 
ssplot(list("Children" = child_seq, "Marriage" = marr_seq, 
      "Residence" = left_seq)) 
@ 

\end{document} 

、あなたはまた、正確にあなたが維持したいプロットを指定するfig.keepを使用することができます。fig.keep = c(1,3)は、第1および第3のプロットを維持します。