異なるサブセットでコードを実行

Question

私は数千の行を持つdata.frameを持っています。私はこのデータのサブセットに数行のコードを適用しています。

私はコラム "mergeorderの$門" の4つのサブセットがあります。

[1] "ascomycota"  "basidiomycota" "unidentified" 
[4] "chytridiomycota" 

と私は別に関数のこのセットを適用する必要があり、すべてのサブセット上：

ascomycota<-mergeorder[mergeorder$phylum %in% c("ascomycota"), ] 
group_ascomycota <- aggregate(ascomycota[,2:62], by=list(ascomycota$order), FUN=sum) 

row.names(group_ascomycota)<-group_ascomycota[,1] 
group_ascomycota$sum <-apply(group_ascomycota[,-1],1,sum) 

dat5 <-sweep(group_ascomycota[,2:62], 2, colSums(group_ascomycota[2:62]), '/') 
dat5$sum <-apply(group_ascomycota[,-1],1,sum) 
reorder_dat5 <- dat5[order(dat5$sum, decreasing=T),] 

reorder_dat5$OTU_ID <- row.names(reorder_dat5) 
FINITO<-reorder_dat5[1:15,] 

write.table(FINITO, file="output_ITS1/ITS1_ascomycota_order_top15.csv", col.names=TRUE,row.names=FALSE, sep=",", quote=FALSE) 

このコードの動作を。しかし、私は、 "子嚢虫"を "担子菌"、 "未同定"、 "狂犬病菌"に手動で置き換えずにこのコードを適用したいと考えています。

どの機能を使用しますか？私はそれをどのように使うべきですか？私はsapply()、repeat()と苦労してきましたが、遠くに来ていません。

最終結果は、コード全体を実行し、csv別ファイルをエクスポートする必要があります。あなたの答え

Answer 1

ため

多くのおかげでそれは一度にすべてのサブセットを処理するコードを記述することは通常可能です。しかし、あなたがやっていることはかなり複雑です。最も良いことは、すべてを関数に集めて、各サブセットの関数を実行することです。このような何か：

subset_transform <- function(subset){ 
    t <-mergeorder[mergeorder$phylum %in% c(subset), ] 
    group_t <- aggregate(t[,2:62], by=list(t$order), FUN=sum) 

    row.names(group_t)<-group_t[,1] 
    group_t$sum <-apply(group_t[,-1],1,sum) 

    dat5 <-sweep(group_t[,2:62], 2, colSums(group_t[2:62]), '/') 
    dat5$sum <-apply(group_t[,-1],1,sum) 
    reorder_dat5 <- dat5[order(dat5$sum, decreasing=T),] 

    reorder_dat5$OTU_ID <- row.names(reorder_dat5) 
    FINITO<-reorder_dat5[1:15,] 

    write.table(FINITO, file = paste("output_ITS1/ITS1_", subset, "_order_top15.csv"), col.names=TRUE,row.names=FALSE, sep=",", quote=FALSE) 
} 

subset_transform("ascomycota") 
subset_transform("basidiomycota") 
subset_transform("unidentified") 
subset_transform("chytridiomycota")