cronで.profileが呼び出されていません

Question

私はクラウド上でUbuntu 16.04.3 LTSを実行しています。コマンドラインからRscriptを使ってプログラムを実行すると、すべてが期待通りに実行されます。しかし、Rscriptで同じプログラムをcronで実行すると、自分の.Rprofileファイルが呼び出されないように見えます。私はこの問題を実証するための小さなプログラムを書かれている：

test_cron = function() { 
    #The next 3 lines are base R. 
    sink('~/test_cron.out') 
    on.exit(sink()) 
    cat('The date and time are:', as.character(Sys.time()), '\n') 
    #Now try to access a personal option, set by .Rprofile. 
    root = getOption('root') 
    cat('Option root:', root, '\n') 
} 
test_cron() 

私は、このコマンドを使用してコマンドラインからこれを実行します。

Rscript test_cron.r 

cron_test.outファイルには以下が含まれています。

The date and time are: 2017-11-14 06:15:46 
Option root: /home/ubuntu/_algi/ 

crontabの該当する行は次のとおりです。

20 6 * * * /usr/bin/Rscript ~/test_cron.r 

これはクーロンによって実行されると、cron_test.outには、次のものが含まれています

The date and time are: 2017-11-14 06:20:01 
Option root: 

明らかにcronが実行するプログラムは、私の個人的なオプション「ルート」にアクセスできませんでした。これは、私が実行した多くの実験の中の一つです.Rprofileはcronのもとでは呼び出されません。これのための修正はありますか？

注：R_PROFILE_USER環境変数は、自分の.Rprofileファイルを指すように設定されています。明らかに、cronの下のRscriptはそれを無視します。デフォルトRによって

Answer 1

を探し、ある特定の順序で3箇所に.Rprofileファイルを実行します：

• R_HOME：Rがインストールされているディレクトリ
• HOME：ユーザのホームディレクトリ
• Rの現在の作業ディレクトリ

.Rprofileあなたの現在のプロジェクトで/ WDはR_HOMEを上書きしますHOMEにHOMEとR_HOMEと.Rprofileに.Rprofileを上書きします。

プロジェクト固有の起動スクリプトを作成するには、プロジェクトのルートディレクトリに.Rprofileファイルを作成するだけです。

コマンドラインからスクリプトを起動するよりも、cronによってスクリプトが起動されたときに、Rが別の.Rprofileファイルを使用しているようです。

Answer 2

cronがユーザーの環境に負荷をかけないようになります。これは、一般的に受け入れられている解決法がなく、無限の混乱と苦痛をもたらしました。例えば、

https://serverfault.com/questions/673480/load-users-environment-variables-in-a-cronjob 
https://stackoverflow.com/questions/15557777/cron-job-does-not-get-the-environment-variables-set-in-bashrc 
https://stackoverflow.com/questions/2229825/where-can-i-set-environment-variables-that-crontab-will-use 
https://unix.stackexchange.com/questions/27289/how-can-i-run-a-cron-command-with-existing-environmental-variables 

A密接に関連する問題は.bashrcのが唯一のインタラクティブシェルで実行するということです、参照してください::

https://unix.stackexchange.com/questions/257571/why-does-bashrc-check-whether-the-current-shell-is-interactive 

私のソリューションは、私は必要な設定するシェルスクリプトを書くことです

#!/bin/bash 
export CODE_HOME='/home/ubuntu/' 
export OS='Ubuntu' 
export R_PROFILE_USER=~/R/.Rprofile 
/usr/bin/Rscript ~/test_cron.r 

スクリプトを実行可能にすると、正常にcrontabで実行されます。