単一データフレーム内のオーバーラップ範囲

Question

私は必要に応じて整数に変換できる範囲の数値変数（Min、Max）に基づいてオーバーラップ範囲を持つオーバーラップ範囲を持つ行をフラグすることを検討しています。

Class Min Max 
    A 100 200 
    A 120 205 
    A 210 310 
    A 500 630 
    A 510 530 
    A 705 800 

に変身：

Class Min Max Overlap 
    A 100 200  1 
    A 120 205  1 
    A 210 310  0 
    A 500 630  1 
    A 510 530  1 
    A 705 800  0 

私は多くの成功なしIRangesを試してみました - 任意のアイデア？私は重複を行うためdata.table非常に効果的な見つける

Answer 1

outerは、ペアワイズ比較を高速化するための選択肢です。間隔エンドポイントのペアワイズ比較はouterを使用して作成し、必要に応じて比較を組み合わせることができます。この場合、重複に必要な2つのルールが同時に真であるかどうかを確認します。

library(dplyr) 

df_foo = read.table(
textConnection("Class Min Max 
A 100 200 
A 120 205 
A 210 310 
A 500 630 
A 510 530 
A 705 800"), header = TRUE 
) 

c = outer(df_foo$Max, df_foo$Min, ">") 
d = outer(df_foo$Min, df_foo$Max, "<") 

df_foo %>% 
    mutate(Overlap = apply(c & d, 1, sum) > 1 
) 

Answer 2

は、データの再作成foverlaps

library(data.table) 
library(dplyr) 

使用：data.tableをキーイング

dt <- data.table(Class = c("A", "A", "A", "A", "A", "A"), 
      Min = c(100, 120, 210, 500, 510, 705), 
      Max = c(200, 205, 310, 630, 530, 800)) 

を、これが機能するために必要です。

setkey(dt, Min, Max) 

ここでは、foverlapsに対して、fiそれらと重なっている行を削除します。行数は、MinとMaxでグループ化されます。 DavidArenburg

dt[dt_overlaps, Overlap := 1] 

結果

dt_overlaps <- foverlaps(dt, dt, type = "any")[Min != i.Min & Max != i.Max, .(Class, Overlap = .N), by = c("Min", "Max")] 

ありがとう：

> dt 
    Class Min Max Overlap 
1  A 100 200  1 
2  A 120 205  1 
3  A 210 310  NA 
4  A 500 630  1 
5  A 510 530  1 
6  A 705 800  NA 

あり、おそらくすっきりこのためdata.tableコードですが、私も学んでいます。

Answer 3

library(dplyr) 
df_foo%>%mutate(flag=coalesce(ifelse(Max>lead(Min),1,NA),ifelse(lag(Max)>Min,1,NA))) 
    Class Min Max flag 
1  A 100 200 1 
2  A 120 205 1 
3  A 210 310 NA 
4  A 500 630 1 
5  A 510 530 1 
6  A 705 800 NA