2016-12-08 21 views
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ほとんどの場合、EC2インスタンスからRstudioサーバーを実行します。しかし、私は職場のクラスタからも実行したいと思っています。彼らはrstudioを使ってドッカーをセットアップしてそれを動かすことができると私に伝えています。今、私はEC2のRstudiosも好きで、同じパッケージと同じバージョンを利用できるように働いています。どのように私はこれを行うことができます任意のアイデア?両方のバージョンポイントをドロップボックスフォルダに含めることはできますか?その場合、どのようにDropboxフォルダをマウントできますか?Docker、EC2 and Rstudio

答えて

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dockerhubまたはaws ec2 container service(ecs)にドッカー・リポジトリを設定する必要があります。 ECSはecsエージェントを実行している1つ以上のec2インスタンス(ecsでクラスタが動作するのに役立つawsプログラム)のクラスタにドッカーコンテナを簡単に展開できる管理されたサービスです。 Dockerfileは、イメージのビルド時に必要なすべてのパッケージをインストールする必要があります。 https://aws.amazon.com/documentation/ecs/

あなたはいつでもそのドッカー画像から、あなたが走っているかどうかにかかわらず、いつでも実行しなければなりません。(あなたがドッカーがどのように動いているかを考えれば、すぐに動くようにウォークスルーが含まれています)ローカルマシンまたはリモートマシン。ドッカーの主な利点の1つは、ホスト環境に関係なく、アプリケーションの環境を同じに保つことです(イメージの同じビルドを使用すると仮定します)。

なぜ私はいつもECS上で動作するとは思えません(私たちはRStudioを使って複数のアナリストを抱えており、ECSはそれぞれのCPUとメモリーリソースを必要に応じてオートスケールするだけです)。 EC2にdockerをインストールして管理することもできますが、ecsエージェントをインストールするだけで簡単にインストールすることができます(あるいは、ECCSを事前にインストールしたEC2 amiを使用することもできます) 。

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しかし、これらのライブラリは頻繁に(Rstudioよりもずっと頻繁に)更新されており、作業中にRstudio内から新しいライブラリをインタラクティブにインストールすることがよくあります。私が理解しているところでは、これらのライブラリはドッカーのイメージに残らないでしょう。 – Misha

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は、再現可能なリサーチやソフトウェアのバージョン管理のために、私は間違いなくバージョンを更新することを強く勧めていません。チェックポイント(vignette:https://cran.r-project.org/web/packages/checkpoint/vignettes/checkpoint.html)などのRパッケージを使用することを検討して、スクリプトの実行時にRにパッケージをインストールできるようにすることもできます – TaylerJones

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