文字列の切り出し

Question

入力1の数字を使用して入力2から特定の文字列を抽出する方法がわかりません。私はdna /クエリシーケンスのすべての塩基を抽出しようとしています件名ID FO203509.1で揃えられていません。したがって、1057-2381のすべては基本的にblastファイルの入力1を見るときです。q.startはクエリシーケンスファイルinput2でシーケンスが開始され、q.endが終了する場所です。

入力1：ブラストレポートファイル（申し訳ありませんが、私はコピー＆ペースト - フォーマットすることができませんでしたすべて間違っていた）

入力2：クエリー配列ファイル

EMB | AJ000012。1 |結核菌recA遺伝子（系統カネッティ） CGAAAGGTCAGATCCGGGCCGGTGAGCACGCCGGATCCGGCCAGGCTAGCGGTGTTCAGCAGATCGTCGG TGATCCGGACCAGCCGCGCACGCAAGTCGGGCCGCACCGCCGCCAGGGCGTTCGACGCGCCGACGAGCGC GGACGCGATGTTGCCACACGCGGCGTGTCACACTTGAATCGAACAGGTGTTCGGCTACTGTGGTGATCAT TCGGAGCAGCCGACTTGTCAGTGGCTGTCTCTAGTGTCACGGCCAACCGACCGATACCGGTCAATCGAAC ACCGACCACAGGAGAGGCACCATGACGCAGACCCCCGATCGGGAAAAGGCGCTCGAGCTGGCAGTGGCCC AGATCGAGAAGAGTTACGGCAAAGGTTCGGTGATGCGCCTCGGCGACGAGGCGCGTCAGCCGATTTCGGT CATTCCGACCGGATCCATCGCACTCGACGTGGCCCTGGGCATTGGCGGCCTGCCGCGTGGCCGGGTGATA GAGATATACGGCCCGGAATCTTCGGGTAAGACCACCGTGGCGCTGCACGCGGTGGCCAACGCTCAGGCCG CCGGTGGTGTTGCGGCGTTCATCGACGCCGAGCACGCGCTGGATCCGGACTATGCCAAGAAGCTCGGTGT CGACACCGATTCGCTGCTGGTCAGCCAGCCGGACACCGGGGAACAGGCACTCGAGATCGCCGACATGCTG ATCCGCTCGGGTGCGCTTGACATCGTGGTGATCGACTCGGTGGCGGCGCTGGTGCCGCGCGCGGAGCTCG AAGGCGAGATGGGCGACAGCCACGTCGGGCTGCAGGCCCGGCTGATGAGCCAGGCGCTGCGGAAAATGAC CGGCGCGCTGAATAATTCGGGCACCACGGCGATCTTCATCAACCAGCTCCGCGACAAGATCGGAGTGATG TTCGGGTCGCCCGAGACGACAACGGGCGGAAAGGCGTTGAAGTTCTACGCGTCGGTGCGCATGGACGTGC GGCGGGTCGAGACGCTCAAGGACGGTACCAACGCGGTCGGCAACCGCACCCGGGTCAAGGTCGTCAAGAA CAAGTGCCTCGCAGAGGGCACTCGGATCTTCGATCCGGTCACCGGTACAACGCATCGCATCGAGGATGTT GTCGATGGGCGCAAGCCTATTCATGTCGTGGCTGCCGCCAAGGACGGAACGCTGCATGCGCGGCCCGTGG TGTCCTGGTTCGACCAGGGAACGCAGGATGTGATCGGGTTGCGGATCGCCGGTGGCGCCATCGTGTGGGC GACACCCGATCACAAGGTGCTGACAGAGTACGGCTGGCGTGCCGCCGGGGAACTCCGCAA GGGAGACCGG GTGGCGCAACCGCGACGCTTCGACGGATTCGGTGACAGTGCGCCGATTCCGGCGGATCATGCCCGGCTGC TTGGCTACCTGATCGGAGATGGCAGGGATGGTTGGGTGGGGGGCAAGACTCCGATCAACTTCATCAATGT TCAGCGGGCGCTCATTGACGACGTGACGCGAATCGCTGCGACGCTCGGTTGTGCGGCCCATCCGCAGGGG CGTATCTCACTCGCGATCGCTCATCGACCCGGTGAGCGCAACGGGGTACTGGACCTTTGTCGGCGGGCCG GTGTGCACGGCAAGCTCGCGTGGGAGAAGACGATTCCGAATTGGTTCTTCGAGCCGGACATCGCGGCCGA CATTGTCGGCAATCTGCTCTTCGGCCTGTTCGAAAGCGACGGGTGGGTGAGCCGGGAACAGACCGGGGCA CTTCGGGTCGGTTACACGACGACCTCTGAACAACTCGCGCATCAGATTCATTGGCTGCTGCTGCGGTTCG GTGTCGGGAGCACCGTTCGAGATTACGATCCGACCCAGAAGCGGCCGAGCATCGTCAACGGTCGACGGAT CCAGAGCAAACGTCAAGTGTTCGAGGTCCGGATCTCGGGTATGGATAACGTCACGGCATTCGCGGAGTCA GTTCCCATGTGGGGGCCGCGCGGTGCCGCG CTTATCCAGGCGATTCCAGAAGCCACGCAGGGGCGGCGTC GTGGATCGCAAGCGACATATCTGGCTGCAGAGATGACCGATGCCGTGCTGAATTATCTGGACGAGCGCGG CGTGACCGCGCAGGAGGCCGCGGCCATGATCGGTGTAGCTTCCGGGGACCCCCGCGGTGGAATGAAGCAG GTCTTAGGTGCCAGCCGCCTTCGTCGGGATCGCGTGCAGGCGCTCGCGGATGCCCTGGATGACAAATTCC TGCACGACATGCTGGCGGAAGAACTCCGGTATTCGGTGATCCGAGAAGTGCTGCCAACGCGGCGGGCACG AACGTTCGACCTCGAGGTCGAGGAACTGCACACCCTCGTCGCCGAAGGGGTTGTCGTGCACAACTGTTCG CCCCCCTTCAAGCAGGCCGAGTTCGACATCCTCTACGGCAAGGGAATCAGCAGGGAGGGCTCGCTGATCG ACATGGGTGTGGATCAGGGCCTCATCCGCAAGTCGGGTGCCTGGTTCACCTACGAGGGCGAGCAGCTCGG CCAGGGCAAGGAGAATGCCCGCAACTTCTTGGTGGAGAACGCCGACGTGGCTGACGAGATCGAGAAGAAG ATCAAGGAAAAGCTTGGCATTGGTGCCGTGGTGACCGATGACCCCTCAAATGACGGTGTCCTGCCCGCCC CCGTCGACTTCTGAGCGCGAAGAGCAGGCGCGGGCACTGTGCCTGCGCCTGCTCACCGCGCGATCCCGCA CCCGCGC

マイコード：

input_1=open('blastreport', 'r') 
input_2=open('queryseq', 'r') 

def slice_sequence(input1,input2): 
    for line in input1: 
     if not line.startswith('#'): 
      list = line.split() 
      q_start=int(list[6]) 
      q_end=int(list[7]) 
      if list[1]=='FO203509.1': 
       for line in input2: 
        next(input2) 
        string=''.join(row.strip() for row in input2) 
        answer=string[q_end:]+string[:q_start] 
    return answer 

ans=slice_sequence(input_1, input_2) 
print(ans) 

任意の洞察力が大幅に、おかげでいただければ幸いです！

Answer 1

input2を繰り返し処理する2番目のforループでは、すべての行を1行に結合しようとしていて、1行から予想されるスライスを取得しようとしていますか？その場合、ループは必要ありません。あなたは単に行うことができます

string = ''.join(row.strip() for row in input2[1:]) 
answer = string[q_end:]+string[:q_start] 
return answer