辞書で検索し、キーと値をマージしてリストに入れる

Question

私の最後の質問の続き（Matching two string lists that partially match into another list）別の問題がつまずいた。おそらく、私は最初に、これまでのコードを投稿する必要があります：私はトラブルは何

#!/usr/bin/env python3.4 
# -*- coding: utf-8 -*- 

import random 
import timeit 

def generateSequences(n): 

    RandomSequences = [] 
    dna = ["A","G","C","T"] 
    for i in range(int(n)): 

     randseq='' 

     for i in range(50): 
      randseq+=random.choice(dna) 

     RandomSequences.append(randseq) 

    return RandomSequences 

def generatePrefixes(p, RandomSequences): 

    First20Chars = [x[:20] for x in RandomSequences] 
    RandomChoices = [] 
    for i in range(p): 
     randomPrefix = random.choice(First20Chars) 
     RandomChoices.append(randomPrefix) 

    return First20Chars, RandomChoices 

def searchReadsInList(RandomSequences, RandomChoices): 

    start_time = timeit.default_timer() 
    Matches_RS_RC = [] 
    for i in RandomChoices: 
     for j in RandomSequences: 
      if i in j: 
       Matches_RS_RC.append(j) 
    elapsed = timeit.default_timer() - start_time 
    return Matches_RS_RC, elapsed 

def makeSuffixDict(reads, extSize = 30, verbose = True): 
    """ 
    Generates a dictionary with read-suffixes as values from a list of reads. 

    Arguments: 
    reads: list of str, reads for generating the dictionary 
    extSize: int, length of suffixes stored as values in dict 
    verbose: bool, whether to print feedback about results 
    Returns: 
    suffixDict: dict, dictionary with read-suffixes as values 
    """ 
    dict = {} 
    if not verbose: 
     for i, read in enumerate(reads): 
      prefix = read[0:-extSize] 
      suffix = read[-extSize:] 
      if prefix not in dict: 
       dict[prefix] = [suffix] 
      else: 
       dict[prefix].append(suffix) 
    else: 
     unambiguous = set() 
     ambiguous = set() 
     for i, read in enumerate(reads): 
      prefix = read[0:-extSize] 
      suffix = read[-extSize:] 
      if prefix not in dict: 
       dict[prefix] = [suffix] 
       unambiguous.add(prefix) 
      else: 
       dict[prefix].append(suffix) 
       if suffix in unambiguous: 
        unambiguous.remove(suffix) 

       ambiguous.add(prefix) 
     print("Reads:  ", len(reads), "\n", 
       "Keys:  ", len(dict), "\n", 
       "Unambiguous: ", len(unambiguous), "\n", 
       "Ambiguous: ", len(ambiguous), sep = "") 
    return(dict) 


def searchReadsInDict(RandomSequences, RandomChoices): 

    makeSuffixDict(RandomSequences) 

    Matches_RC_Dict = [] 
    for i in RandomChoices: 
     for j in dict: 
      if i in j: 
       Matches_RC_Dict.append(j) 
    return Matches_RC_Dict 


if __name__ == "__main__": 
    RandomSequences = generateSequences(15) 
    print ("genseq", RandomSequences) 
    First20Chars, RandomChoices = generatePrefixes(5, RandomSequences) 
    print ("genpre1", First20Chars) 
    print ("genpre2", RandomChoices) 
    Matches_RS_RC, elapsed = searchReadsInList(RandomSequences, RandomChoices) 
    print ("searchList", Matches_RS_RC) 
    print ("Time elapsed", elapsed) 
    Matches_RC_Dict = searchReadsInDict (RandomSequences, RandomChoices) 
    print ("SearchDict", Matches_RC_Dict) 

はsearchReadsInDictです。 searchReadsInDict辞書を作成するには、付属のmakeSuffixDictを使用する必要があります。 generatePrefixesでランダムに選択した文字列を辞書のキーと照合し、キーと値を文字列に結合してリストに入れる必要があります。キーと値を文字列にまとめるためには、いくつかのメソッドがありましたが、それ自体は機能していましたが、それらを関数に統合すると常にエラーが発生しました。 Matches_RC_Dictの出力と同じように実行しても、[]という問題があります。 誰かが助けてくれることを願っています。私は他人のために不要な作業を防ぐために、彼の偉大な答えを投稿したいと思いfreenodeの上#pythonチャンネルから「cyphase」の許可を得て

Answer 1

：

def searchReadsInDict(RandomSequences, RandomChoices): 

    start_time = timeit.default_timer() 
    mydict = makeSuffixDict(RandomSequences) 

    Matches_RC_Dict = [rc+end for rc in RandomChoices for end in mydict[rc]] 
    elapsed_sRD = timeit.default_timer() - start_time 
    return Matches_RC_Dict, elapsed_sRD