エラー：ファイルのエラー（con、 "r"）：接続を開くことができません

Rのbio3dパッケージを使用してdssp関数を実行しようとしていますが、エラーが発生しています。エラー：ファイルのエラー（con、 "r"）：接続を開くことができません

library("bio3d") 
pdb <- read.pdb("1CRN") 
x <- dssp(pdb, exepath="C:/dssp/dssp.exe") 

Error in file(con, "r") : cannot open the connection

ご提案ください。

修正（DSSP）

次の行を書き換える：

システム（ペースト（exepath、 "-c DSSPを"

2012-03-25 lara

はあなたのために 'dssp'作業の例ですか？この例では、exepathを含めてみてください。そうでない場合は、dssp.exeへのパスをPATHに含めることができ、exepathをすべてtogehterと入力しなくてもかまいません。 –

私はあなたが最初にそれに尋ねた質問に答えました：http://biostar.stackexchange.com/questions/19053/secondary-structure-analysis-with-dssp-in-r/19118#19118 – neilfws

@neilfwsそのリンクは私のために壊れた、あなたはここでも答えを複製する可能性があります？ – ThomasH

あなたはDSSP機能paramentersを修正する必要があり、それを解決するために、、INFILE、""、OUTFILE、9月= ""）、ignore.stderr = TRUE）、 "-c" の

"-i" isteadおよび「 - O」のintead ""

chears

2013-01-08 16:32:34

答えて