階層に基づいてユニークな分類学的カウントを見つける

Question

これを行う方法を検索しましたが、count（unique（））を使用して他の要因を検索していません。データセットの例を以下に示します。

+------+------+--------------+----------------+-----------+-------+ 
| Site | Date | TaxonID |  Family  | Genus | Count | 
+------+------+--------------+----------------+-----------+-------+ 
| X1 | 2006 | Chironomidae | Chironomidae | -   |  2 | 
| X1 | 2006 | Saetheria | Chironomidae | Saetheria |  1 | 
| X1 | 2006 | Chimarra  | Philopotamidae | Chimarra |  5 | 
+------+------+--------------+----------------+-----------+-------+ 

この場合、行1がカウントされるべきではないのでTaxonIDは上で一意の値をカウントし、これにより、データセット内のその分類学上のレベルよりも低い同定何か、すなわち行2

に、カウントになるカウント属は動作しますが、行2が存在しない例では、これは実行されません。

これは切り捨てられたテーブルです。通常、Phylum、Class、およびOrde​​rも存在し、TaxonIDはこれらのフィールドのいずれかにある可能性があります。これはあなたに正しい結果が得られたがしようとする場合

Answer 1

これは、それぞれの分類学的レベルをサブセット化し、データフレームに列を追加することで行うことができ、ネストされたifelseステートメント。成果を向上させる方法がある場合は、教えてください。

は例では、私は投稿：各分類学的レベルについて

data$GenusN <- ifelse(table(data$Genus)[data$Genus] >1, 0, 1) 

を繰り返し、ネストされたifelse文に基づいて、その後の和を。

dataNew <- sum(ifelse(data$Taxon == data$Genus, data$GenusN, ifelse(data$Taxon==data$Family, data$FamilyN, 0))) 

Answer 2

は、私は100％わからないんだけど、この1：

SELECT sum(cnt) 
FROM 
    (SELECT Family, 
      IF(count(DISTINCT Genus)=0, 1, count(DISTINCT Genus)) AS cnt 
    FROM your_table 
    GROUP BY Family) AS lo;