2017-02-17 15 views
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sedを使用して1つのfastaファイルで複数(最大10個)のパターンを変更する方法はありますか?例えば 私はYのためにXを変更したい:複数のパターンを編集するためのSed

sed "s/X/Y/g" <file1.fasta> output.fasta 

同じワンライナーにsed "s/\s/_/g"と8以上のコマンドを追加する方法?

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fastaが行を折り返さないので、これはとにかく正しくありません。 bash、awk、pythonのタグがここで何を達成すると思いますか? –

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毎回すべての単一の文字を置き換えていますか? – anubhava

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私は通常、.fasta拡張子を.txtに変更してから、bashでそれを操作します。 – Bio21

答えて

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あなたはセミコロン

sed 's/a/b/;s/c/d/' 

(あなたはまた、代わりにセミコロンの改行を使用することができます)

または複数-e Sを使用することができることでコマンドを区切ることができます。

sed -e 's/a/b/' -e 's/c/d/' 
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は、この例を参照してください:(gnu sedによるテスト):

kent$ echo 'abcd'|sed 's/a/1/;s/b/2/;s/c/3/;s/d/4/' 
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kent$ echo 'abcd'|sed 'y/abcd/1234/'    
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