sedを使用して1つのfastaファイルで複数(最大10個)のパターンを変更する方法はありますか?例えば 私はYのためにXを変更したい:複数のパターンを編集するためのSed
sed "s/X/Y/g" <file1.fasta> output.fasta
同じワンライナーにsed "s/\s/_/g"
と8以上のコマンドを追加する方法?
sedを使用して1つのfastaファイルで複数(最大10個)のパターンを変更する方法はありますか?例えば 私はYのためにXを変更したい:複数のパターンを編集するためのSed
sed "s/X/Y/g" <file1.fasta> output.fasta
同じワンライナーにsed "s/\s/_/g"
と8以上のコマンドを追加する方法?
あなたはセミコロン
sed 's/a/b/;s/c/d/'
(あなたはまた、代わりにセミコロンの改行を使用することができます)
または複数-e
Sを使用することができることでコマンドを区切ることができます。
sed -e 's/a/b/' -e 's/c/d/'
は、この例を参照してください:(gnu sedによるテスト):
kent$ echo 'abcd'|sed 's/a/1/;s/b/2/;s/c/3/;s/d/4/'
1234
kent$ echo 'abcd'|sed 'y/abcd/1234/'
1234
fastaが行を折り返さないので、これはとにかく正しくありません。 bash、awk、pythonのタグがここで何を達成すると思いますか? –
毎回すべての単一の文字を置き換えていますか? – anubhava
私は通常、.fasta拡張子を.txtに変更してから、bashでそれを操作します。 – Bio21