fastqファイルの読み込みでRNA-seq STARアライメントエラーが発生する

Question

fastqファイルを参照ゲノムにマッピングするためにSTARアライナーを使用するスクリプトを作成しています。

#!/bin/bash 
#$ -N DT_STAR 
#$ -l mem_free=200G 
#$ -pe openmp 8 
#$ -q bio,abio,pub8i 

module load STAR/2.5.2a 


cd /dfs1/bio/dtatarak/DT-advancement_RNAseq_stuff/RNAseq_10_4_2017 

mkdir David_data1 


STAR --genomeDir /dfs1/bio/dtatarak/indexes/STAR_Index --readFilesIn /dfs1/bio/dtatarak/DT-advancement_RNAseq_stuff/RNAseq_10_4_2017/DT_1_read1.fastq 
/dfs1/bio/dtatarak/DT-advancement_RNAseq_stuff/RNAseq_10_4_2017/DT_1_read2.fastq --runThreadN 8 --outFileNamePrefix "David_data1/DT_1"` 

私は、このエラーメッセージ致命的な入力エラーの出射

を得続ける：ここに私のコードですreadFilesInを開くことができませんでした=/DFS1 /バイオ/ dtatarak/DT-advancement_RNAseq_stuff/RNAseq_10_4_2017/DT_1_read1.fastq

STARの使用経験がある人はいますか？私はなぜ私の読み取りファイルを開くことができないのか理解できません。

Answer 1

STARと--genomeDirの間の2番目のスペース文字は構文エラーです。 1つしかないはずです。

もう一つは、それが引用符である、パスを取ること、引数--outFileNamePrefix "David_data1/DT_1"

よろしいですのですか？ディレクトリDT_1をDavid_data1内に作成する必要があります。また、パスの前に常に/がなければなりません。

--outFileNamePrefix /David_data1/DT_1/ 

さらに、​​フォルダにはサブディレクトリがありますか？私はいつもこのようなgenomDir引数を設定する必要があるため：

--genomeDir path/to/STAR_index/STARindex/hg38/ 

メッセージが構文エラーの後、出てくることが知られているので、私はそれが動作願って、このようなあなたはそれをしようとした場合、何かされています

#!/bin/bash 
#$ -N DT_STAR 
#$ -l mem_free=200G 
#$ -pe openmp 8 
#$ -q bio,abio,pub8i 

module load STAR/2.5.2a 


cd /dfs1/bio/dtatarak/DT-advancement_RNAseq_stuff/RNAseq_10_4_2017 

mkdir David_data1 
cd David_data1 
mkdir DT_1 
cd .. 


STAR --genomeDir /dfs1/bio/dtatarak/indexes/STAR_Index --readFilesIn /dfs1/bio/dtatarak/DT-advancement_RNAseq_stuff/RNAseq_10_4_2017/DT_1_read1.fastq 
/dfs1/bio/dtatarak/DT-advancement_RNAseq_stuff/RNAseq_10_4_2017/DT_1_read2.fastq --runThreadN 8 --outFileNamePrefix /David_data1/DT_1/