特定の条件（コンテキスト）でのみ、別のフィールドの値を持つ列のフィールドの値を更新する方法はありますか。

Question

私は、その列の5番目のフィールドにコンテキスト（パイプ|）があるときに、特定の列の最初のフィールド（たとえば1と2）の値を更新するファイルを持っています。

私はpythonを使うことができますが、行を分割して値を代入して結合することは、長いスクリプトになります。私は解決策をawk（pefereable）を使用して探しています他の人はあまりにも短いです。また、これをPythonスクリプト内に埋め込みたいと思います。

以下は（:)で区切られた列内のフィールドを持つ私のデータからの2つの列です。

0/1:42,19:61:99:0|1:5185_T_TTCTATC:560,0,1648  0/1:38,34:72:99:0|1:5185_T_TTCTATC:1145,0,1311 

0/0:124,0,0:124:99:0,120,1800,120,1800,1800 0/0:165,0,0:165:99:0,120,1800,120,1800,1800 

0/0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800 0/1:145,34:179:99:0|1:5398_A_G:973,0,6088 

ので、その列の5番目のフィールドがある場合 '|'最初のフィールドを5番目のフィールド値で更新します。

期待される結果：

0|1:42,19:61:99:0|1:5185_T_TTCTATC:560,0,1648  0|1:38,34:72:99:0|1:5185_T_TTCTATC:1145,0,1311 

0/0:124,0,0:124:99:0,120,1800,120,1800,1800 0/0:165,0,0:165:99:0,120,1800,120,1800,1800 

0/0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800 0|1:145,34:179:99:0|1:5398_A_G:973,0,6088 

-Actually、列がたくさんあります。そして、この種の列は5番目のpythonのインデックス位置の後に表示され、5番目の列の後のすべての列フィールドで置換を行いたい場合は、どのように問題に近づけることができます。

おかげで、

おかげで、

Answer 1

$ awk '{ for (i=1;i<=NF;i++) { split($i,f,/:/); if (f[5]~/\|/) sub(/^[^:]+/,f[5],$i) } }1' file 
0|1:42,19:61:99:0|1:5185_T_TTCTATC:560,0,1648 0|1:38,34:72:99:0|1:5185_T_TTCTATC:1145,0,1311 
0/0:124,0,0:124:99:0,120,1800,120,1800,1800 0/0:165,0,0:165:99:0,120,1800,120,1800,1800 
0/0:152,0:152:99:.:.:0,120,1800 0|1:145,34:179:99:0|1:5398_A_G:973,0,6088 

唯一の注意点は、サブにおける後方参照メタ文字であろうので、第5サブフィールド）が（& Sを含有しないことです。

第5列の置換を開始する場合は、ループ初期化部分でi = 1をi = 5に変更します。行に分割

：

$ awk '{ 
    for (i=1;i<=NF;i++) { 
     split($i,f,/:/) 
     if (f[5]~/\|/) 
      sub(/^[^:]+/,f[5],$i) 
    } 
}1' file