ネストされたR foreachループの外側ループ変数

Question

ネストループでforeachパッケージを使用しようとしていますが、内側ループがアウターのカウンタを認識しません。

v3 <- search.compounds.by.mass(100.05,0.5) 
foreach(j=2:length(v2)) %:% { 
    foreach(i=1:length(v3), .combine=rbind) %dopar% { 
     write.table(paste(v3[i], paste(get.reactions.by.compound(v3[i]), collapse=" "), sep=" "), "file1",quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=FALSE, append=TRUE) 
     write.table(paste(v3[i], paste(get.pathways.by.compounds(v3[i]), collapse=" "), sep=" "), "file2",quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=FALSE, append=TRUE) 
     v3 <- search.compounds.by.mass(v2[j],0.5) 
    } 
} 

Answer 1

問題は、あなたが間違って%:%オペレータを適用しているということです。これは2つのforeachオブジェクトをマージするように設計されており、結果として単一のforeachオブジェクトが提供されます。このオブジェクトを使用して、指定した式を繰り返し評価することができます。あなたが%:%を使用したいのであれば、あなたはに必要な最初の 2つのforeach()文、およびをマージし、その後%do%（またはあなたのケースでは、%dopar%）への単一の呼び出しを駆動するために、結果のオブジェクトを使用します。例として、（1）を参照してください。

また、あなたが巣に2つのforeach()オブジェクトをしたい場合は、以下の（2）のように、二回%do%を使用しています。並列ジョブのために、私は%:%を使用して1を好むかもしれませんが

いずれかの方法では、動作します。しかし、コードは（3）のように、2つの戦略の要素を組み合わせて、何もできないハイブリッドを作り出します。

X <- c("A", "B") 
Y <- 1:3 

## (1) EITHER merge two 'foreach' objects using '%:%' ... 
foreach (j = X, .combine = c) %:% foreach(i = Y, .combine = c) %do% { 
    paste(j, i, sep = "") 
} 
# [1] "A1" "A2" "A3" "B1" "B2" "B3" 


## (2) ... OR Nest two 'foreach' objects using a pair of '%do%' operators ... 
foreach(j = X, .combine = c) %do% { 
    foreach(i = Y, .combine = c) %do% { 
     paste(j, i, sep = "") 
    } 
} 
# [1] "A1" "A2" "A3" "B1" "B2" "B3" 


## (3) ... BUT DON'T use a hybrid of the approaches. 
foreach(j = X, .combine = c) %:% { 
    foreach(i = Y, .combine = c) %do% { 
     paste(j, i, sep = "") 
    } 
} 
# Error in foreach(j = X, .combine = c) %:% { : 
# "%:%" was passed an illegal right operand