私のXCodeプロジェクトでは、いくつかの理由で、ファイルシステム上のClassesフォルダに物理的に存在するXIBファイルがいくつかありますが、XCodeのResourcesフォルダに表示されます。それに問題はありますか？私はそれらを移動しようとするのは苦労でしょうか？XIBファイルin Classesフォルダ、それは問題ですか？
コードは正常に動作していますが、シミュレータとデバイスで動作しますので、私の主な関心事は、アップルに提出する際に問題が発生するかどうかです。
あなたの最終製品に影響を及ぼす唯一のもの（そしてあなたがアップルに提出するもの）は、異なるファイルが表示されるターゲットのどのステージであり、私の経験では間違ってしまうことはめったにありません。
しかし、整理のために他のものがなければ、問題を解決する価値があるかもしれません。ファイルを適切な場所*に移動すると、Xcodeでファイル名が赤に変わります。赤いファイルごとに情報を見るを選択し、「選択」ボタンをクリックしてそれを探します。
すべてのリソースファイルは、アプリケーションバンドル内のフラットディレクトリに格納されている（*あなたはSubversionを使用している場合は、この、ないファインダー用svn moveコマンドを使用します）。あなたは.appファイルをクリックして制御することができ、ファインダでの公開を選択することでフラットディレクトリを見ることができます。ファイルがソースに物理的に存在する場所は実際には関係ありません。いくつかのリソースファイルをクラスディレクトリに配置してコードの管理に問題がなければ、問題はありません。それはAppleが気にしないことを意味する。
しかし、あなたが複数の人と長い間プロジェクトを維持しようと考えているのであれば、よく組織されたソースを持つ方が良いと思います。