ドッカー画像テスト：ファイルが見つかりません

Question

私はドッカー画像を作成し、テストしようとしていました。画像は、私がアプリケーションのバージョンをチェックすると罰金だが、私は正当なコマンドを与えた場合、ファイルを見つけることができません。

| => docker run -ti us.gcr.io/my_project/fastqc fastqc --version 

FastQC v0.11.4

| => docker run -ti us.gcr.io/my_project/fastqc fastqc /Users/jedi/Documents/raw_data/Sample1_PE_R1.fastq.gz 

/ユーザー/」スキップ存在しなかったか、読み取れなかったjedi/Documents/raw_data/Sample1_PE_R1.fastq.gz '

ファイルパスを引用符で囲んでみましたが、同じ結果が出ました。私は間違って何をしていますか？ドッカー画像をテストするにはどうすればよいですか？

ありがとうございました！

Answer 1

ドッカーイメージを実行して、ドッカーコンテナ内ではなくホストにあるファイルを渡そうとしています。これは動作しません。

実際、ホストとコンテナのファイルシステムは分離されています（ドッカーについてのすばらしいことの1つです）。

コマンドを実行したい場合は、ホストとドッカーのコンテナの間でボリュームを共有する必要があります。このようなあなたのコマンドを実行してみてください：

docker run -ti -v "/Users/jedi/Documents/raw_data/:/Users/jedi/Documents/raw_data/" us.gcr.io/my_project/fastqc fastqc "/Users/jedi/Documents/raw_data/Sample1_PE_R1.fastq.gz" 

この方法で、あなたのホストとあなたの容器との間/Users/jedi/Documents/raw_data/フォルダを共有している、とコマンドが動作するはずです。