Windows上でrstanと一緒に使用すると、次のスタンコードが正常に動作します。次のようにしかし、Linux(CentOSの6)を使用してクラスタ上で実行しているとき、それはの〜500行が含まれて非常に長いエラーをスローし、私は、推測Rcppコードと最後のチャンクは次のとおりです。スタンドコードはWindowsでは動作しますが、Linuxでは動作しません
Error in compileCode(f, code, language = language, verbose = verbose) : Compilation ERROR, function(s)/method(s) not created! In file included from /scratch/user/siamak/R_libs/StanHeaders/include/stan/math/rev/mat.hpp(15), from /scratch/user/siamak/R_libs/StanHeaders/include/stan/math.hpp(4), from /scratch/user/siamak/R_libs/StanHeaders/include/src/stan/model/model_header.hpp(4), from file6ff02c925624.cpp(8): /general/software/x86_64/tamusc/R_tamu/R_LIBS/3.3.2-iomkl-2017A-Python-2.7.12-default-mt/RcppEigen/include/Eigen/src/Cholesky/LLT.h(57): error: class "Eigen::Ref>" has no member "Options" Options = MatrixType::Options, ^ detected during instantiation of class "Eigen::LLT<_MatrixType, _UpLo> [with _MatrixType=Eigen::Ref>, _UpLo=1]" at line 247 of "/scratch/user/siamak/R_libs/StanHeaders/include/stan/math/rev/mat/fun/cholesky_decompose.hpp" In file included fro In addition: Warning message: running command '/sw/eb/software/R/3.3.2-iomkl-2017A-Python-2.7.12-default-mt/lib64/R/bin/R CMD SHLIB file6ff02c925624.cpp 2> file6ff02c925624.cpp.err.txt' had status 1
どれ意見?
data{
int<lower=0> n; //number of points
int<lower=1> d; //dimension
int<lower=1> G; //number of groups
int<lower=0> M;
int<lower=1> Jg[M];
int<lower=1> Start[G];
int<lower=1> End[G];
int<lower=1,upper=G> Ig[n];
matrix[d,n] X;
cov_matrix[d] Lambda;
real<lower=d-1> nu;
cov_matrix[d] B;
vector[d] m;
}
parameters{
vector[d] mu; //mean
cov_matrix[d] Sigma; //covariance
}
model{
//prior
Sigma ~ inv_wishart(nu,Lambda);
mu ~ multi_normal(m,B);
//likelihood
for (i in 1:n){
X[Jg[Start[Ig[i]]:End[Ig[i]]],i] ~
multi_normal(mu[Jg[Start[Ig[i]]:End[Ig[i]]]],
Sigma[Jg[Start[Ig[i]]:End[Ig[i]]],Jg[Start[Ig[i]]:End[Ig[i]]]]);
}
}
コンパイラは何ですか?そしてどのバージョン? –
コンパイラはgcc6ですが、それは問題の原因です。私はソースからrstanとRcppを再インストールし、解決しました。ありがとうございました! – Siamak