Rstudioの起動時にパッケージの読み込みを停止する方法

Question

私が作業しているRstudioプロジェクトがあります。私が最後にRstudioを1.0.143にアップデートして以来、Mac OS X 10.6+（64ビット）はプロジェクトの起動に失敗します。 R/Rstudioでの作業を中止することを決めていない何らかの理由で、起動時に自動的にロードされていたパッケージにリンクされている可能性があります。 XLConnect ...

ディレクトリから.RData、.Rhistory、および.Rproj.userを削除しようとしました。 .RDataを削除するだけで問題なくRstudioが起動しました。私は、ディレクトリ、私のホームディレクトリまたはサイト全体のファイルのいずれかの.RProfileファイルを持っていないようです。それは私が問題なく他のRstudioのセッションを開くことができます

R encountered a fatal error. The session was terminated.

エラーでクラッシュしているため

は今のところ私もRstudioセッションを開くことができません。

私は別のRセッション（なしRスタジオ）を開き、

load('path/to/.RData') 

しようとすると、次のエラーメッセージが出ます：

*キャッチセグメンテーション違反* アドレス0x18の、原因を'メモリがマップされていません'

トレースバック： 1：dyn.load（ファイル、DLLパス= DLLパス、...）

2のlibrary.dynam（LIB、パッケージ、package.lib）

3：loadNamespace（J < - I [1L]、C（lib.loc、.libPaths（））、VERSIONCHECK = VI [J]）

4：asNamespace（NS）

5：namespaceImportFrom（NS、loadNamespace（J < - I [1L]、C（lib.loc、.libPaths（））、 versionCheck = vI [[j]]）、i [[2L]] from = package）

6：loadNamespace（name）

7：doTryCatch（リターン（expr）は、名前、parentenv、ハンドラ）

8：tryCatchOne（exprは、名前、parentenv、ハンドラ[1L]）

9：tryCatchList（exprは、クラス、 parentenv、ハンドラ）

10：tryCatch（loadNamespace（名）、誤差=関数（E）{警告（gettextf（「名前空間％sは使用できず、オブジェクトを処理する場合\ nby .GlobalEnv置換

されています％s "、sQuote（name）[1L]、sQuote（where））、domain = NA、call。 => FALSE、即時。 = TRUE）.GlobalEnv}）

11：..getNamespace（C（ "openxlsx"、 "4.0.17"）、 "uwc.sel.book"）

12：負荷（」./ Dropboxの/ OxfordTT2017/DNAextraction_26052017/ColWork2017/Fielddata_04052016 /。RDATA」）

可能なアクション：

1：有効な場合、コア・ダンプと（アボート）

2：正常R出口

3：射出Rワークスペース

4を保存せずに：exit R save workspace

私はロードからRstudioセッションを停止する方法を探しています起動時のパッケージ（RProfileの設定は覚えていないので、なぜこれが最初に実行されるのか分かりません）。

Answer 1

を行う場合を除きあなたはまだので、これは私が問題を解決するために何をしたかである.RDataファイル内のオブジェクトを使用することはできません。

まず、ターミナルでこれを実行して.RDataファイルを隠しました。

mv .RData ./.RData_old 

次に、私はRセッション（いないRstudio）でこれを実行しました：

remove.packages('XLConnect', 'XLConnectJars') 

それから私はRセッションを閉じて、それがRDATAファイルなしで罰金開くだろうことを確認するためにRstudioプロジェクトを開きます。その後

は、私は戻って

mv .RData_old ./.RData 

最後に私は再度プロジェクトファイルを開いて、プレスト私のRDATAファイルを持って！

インストールされていないパッケージについては不平を言っていますが、少なくとも必要なパッケージが分かっています。さらに、私のデータと結果は失われません。

Answer 2

以前のRStudioでオブジェクトを作成したことがあり、特定のパッケージが必要なようです。 RStudioを終了すると、ワークスペースは.RDataファイルに保存されました。その後、そのプロジェクトを再開すると、RStudioは最後のワークスペースを取り戻そうとしますが、これらのオブジェクトは特定のパッケージを必要とします。 RStudioは起動時にこれらのパッケージをロードすることがわかります。

たとえば、新しいRStudioプロジェクトを作成します。

install.packages('phylobase') 
library(phylobase) 
mytree <- phylo4(x=matrix(data=c(4,1, 4,5, 5,2, 5,3, 0,4), ncol=2, byrow=TRUE), tip.label=c("speciesA", "speciesB", "speciesC")) 

プロジェクトを閉じてもう一度開いてください（ワークスペースを保存してください）。

R version 3.4.1 (2017-06-30) -- "Single Candle" 
... 
Type 'q()' to quit R. 

[Workspace loaded from W:/work/Git/bookdown-minimal/.RData] 

Loading required package: phylobase 
> search() 
[1] ".GlobalEnv"  "package:phylobase" "tools:rstudio"  "package:stats"  "package:graphics" 
[6] "package:grDevices" "package:utils"  "package:datasets" "package:methods" "Autoloads"   
[11] "package:base" 

mytreeはS4クラスのオブジェクトである、あなたはphylobaseが自動的にロードされていることがわかります。 S4クラスのドキュメントを参照することができます。

ソリューション

1. あなたは、必要なパッケージをインストールしたり.RDataファイルを放棄しなければなりません。
2. 起動時にRStudioがパッケージを読み込まないようにするには、Tools - >Global Options...のチェックを外してください。Resotore .RData into workspace at startup。以下

   すべてが*.RProjファイルをcontainesディレクトリにある：あなたが1