複数のqsubコマンドを同時に使用する

Question

私の部門のコンピューティングクラスタをSun Grid Engineで使用しています。

複数のRジョブを実行する必要がある場合 私は通常、「R CMD BATCH r01.r」、「R」という名前のs01.sh、s02.sh、...、s50.shという名前のシェルスクリプトファイルを作成しますCMD BATCH r02.r '、...、' R CMD BATCH r50.r 'を内容とする。

次に、「PUTTY」を開いてログインし、「qsub s01.sh」、「qsub s02.sh」などと入力する必要があります。

何百ものジョブがある場合、手動で100個のジョブを入力するのは本当の労力です。 この複数の「qsub」コマンドを同時に実行する方法はありますか？

Answer 1

qsubコマンドを順番に実行する必要があると思います。qsub自体がかなり速くなければならないためです。 （提出されたコマンドはおそらく並行して実行されます）。

ループが必要です。

すでにr*.rファイルを作成したと仮定すると、これは小さなシェルスクリプトで行うことは簡単です：

#!/bin/bash 

for file in r*.r ; do 
    script=$(echo $file | sed 's/^r/s/;s/\.r$/.sh/') 
    ( 
     echo "#/bin/sh" 
     echo "R CMD BATCH $file" 
    ) > $script 
    chmod +x $script 
    qsub $script 
done 

Answer 2

は、私が実行されるスクリプトは、現在のフォルダにあることを前提としています。

for file in s*.sh; do; qsub $file; done