科学的画像処理（ImageJで） - 背景を取り除くためのアドバイス

Question

私はバクテリアの映画の束を持っている、私はそれらを追跡し、分割などを検出するはずです。

今、私はこのエリアの初心者ですから、進め方についての初期のアドバイスを探しています。

いくつか添付しましたscreenshotsです。

最初の部分については、背景を取り除く必要があります。それ、どうやったら出来るの？ImageJツールは有望そうです（圧倒的に言いました）。私はJavaで開発しているので、ImageJツールを使用することを好むので、ImageJの専門家からアドバイスをいただければ幸いです。

これらは私がこれまでに発見したいくつかのオプションがありますが、私は彼らがすべてのケースのために働くことを得ることができません。

• 転がるボールの変換（工程 - >引くバックグラウンド）
• 値化？
• かが
  このようなものは、ImageJの中で行うことができます（イメージ - > [しきい値を調整する）：
  http://www.mathworks.com/products/image/demos.html?file=/products/demos/shipping/images/ipexrice.html

最高のこれらの様々な例でBGを取り除く方法について教えてください。

おかげで、

イゴール

Answer 1

あなたがセグメントに必要な細菌を追跡します。これを行うには多くの方法があります。人々が現在出版している研究の問題です。

時にはうまくいくアプローチの1つが「流域」アルゴリズムです。ちょっと、画像を高さを示すピクセル値を持つ3Dサーフェスとして想像してください。あなたは徐々に表面に水を注ぎ、1つの集水域から別の集水域に水がこぼれるのを待っています。それが起こるところには2つの地域があります。 watershed algorithm in matlab

レベル設定方法は、調整が少ない方が良い傾向にあるので、レベル設定方法を検討することもできます。最も有名なのは、ChanとVeseの能動的輪郭法です。

は、ここで私は余分な作業をせずに自分の画像にチャン・Veseを実行することによって得るものです：

両セグメント化アルゴリズムは、あなたはそれが正しいあなたの上で動作するように取得するために特別な何かをすることを必要とします画像。

バクテリアのビデオ全体を動かすと、よりうまくいくことができます。バックグラウンド除去のためには、「堅牢なPCA」このアプリケーションのための注意の良い取引を得ている

www-stat.stanford.edu/~candes/papers/RobustPCA.pdf

www.cds.caltech.edu/~ipapusha/pdf/robust_pca_apps.pdf

http://users.cms.caltech.edu/~mccoy/code/

に見てみたいことがあります。