Shinyは、PDFファイル自体を生成する関数を出力します。

Question

Shinyを使用して、pdfファイルを出力する関数でアプリケーションを構築しようとしています。具体的には、私が使用しようとしている機能は、msaパッケージのmsaPrettyPrint機能です。 toolsパッケージのtexi2pdf関数を使用してpdfファイルを生成します。 たとえば、次のコードを実行すると、作業ディレクトリにアミノ酸配列アラインメントを持つ "myFirstAlignment.pdf"というpdfが生成されます。

# source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R") 
# biocLite("msa") 
library(msa) 
mySequenceFile <- system.file("examples", "exampleAA.fasta", package="msa") 
mySequences <- readAAStringSet(mySequenceFile) 
myFirstAlignment <- msa(mySequences) 
msaPrettyPrint(myFirstAlignment, output="pdf", showNames="left",showLogo="top",consensusColor="BlueRed", logoColors="accessible area", askForOverwrite=FALSE) 

次のコードを作成する方法があるのでしょうか？私は、出力がすでにpdfファイルであるために問題が発生している可能性があると思います。可能であれば、pdf出力を画面に表示したい。画面上で見ることができない場合は、どこにPDFファイルがありますか、それをダウンロードできますか？

library(shiny) 
runApp(list(
    #Load the exmaple from the msa package. 
    mySequenceFile <- system.file("examples", "exampleAA.fasta", package="msa"), 
    mySequences <- readAAStringSet(mySequenceFile), 
    myFirstAlignment <- msa(mySequences), 
    # A simple shiny app. 
    # Is it possible to see the generated pdf file on screen? 
    ui = fluidPage(plotOutput('plot')), 
    server = function(input, output) { 
    output$plot <- renderPlot(msaPrettyPrint(myFirstAlignment, output="pdf", showNames="left",showLogo="top",consensusColor="BlueRed", logoColors="accessible area", askForOverwrite=FALSE)) 
    } 
)) 

このコードではLaTeXが動作する必要があります。例を実行するにはLaTeXが必要です。 ありがとう！

Answer 1

JackStatとMalancheのおかげで、ありがとうございました。結果をダウンロードするには、次の作業が必要です。

library(shiny) 
runApp(list(
    #Load the exmaple from the msa package. 
    mySequenceFile <- system.file("examples", "exampleAA.fasta", package="msa"), 
    mySequences <- readAAStringSet(mySequenceFile), 
    myFirstAlignment <- msa(mySequences), 
    # A simple shiny app. 
    # Is it possible to see the generated pdf file on screen? 
    ui = fluidPage(downloadButton('downloadPDF')), 
    server = function(input, output) { 
     output$downloadPDF = downloadHandler(
     filename = 'myreport.pdf', 
     content = function(file) { 
      msaPrettyPrint(
       myFirstAlignment 
       , file = 'myreport.pdf' 
       , output="pdf" 
       , showNames="left" 
       , showLogo="top" 
       , consensusColor="BlueRed" 
       , logoColors="accessible area" 
       , askForOverwrite=FALSE) 
     file.rename("myreport.pdf", file) # move pdf to file for downloading 
     }, 
     contentType = 'application/pdf' 
    ) 
    } 
)) 

Answer 2

私はあなたの例を実行している問題を抱えていたが、これは

library(shiny) 
runApp(list(
    #Load the exmaple from the msa package. 
    mySequenceFile <- system.file("examples", "exampleAA.fasta", package="msa"), 
    mySequences <- readAAStringSet(mySequenceFile), 
    myFirstAlignment <- msa(mySequences), 
    # A simple shiny app. 
    # Is it possible to see the generated pdf file on screen? 
    ui = fluidPage(downloadButton('downloadPDF')), 
    server = function(input, output) { 

    output$downloadPDF = downloadHandler(
     filename = 'myreport.pdf', 

     content = function(file) { 
     out = msaPrettyPrint(
       myFirstAlignment 
       , file = 'myreport.pdf' 
       , output="pdf" 
       , showNames="left" 
       , showLogo="top" 
       , consensusColor="BlueRed" 
       , logoColors="accessible area" 
       , askForOverwrite=FALSE) 
     file.rename(out, file) # move pdf to file for downloading 
     }, 

     contentType = 'application/pdf' 
    ) 

    } 
)) 

Answer 3

たぶん、あなたはローカルでPDFファイルを保存するためにmsaPrettyPrintfile引数を使用して、アプリケーション内のPDFビューアを置くために、このソリューションdisplaying a pdf from a local drive in shinyを使用することができますが動作するはずです。