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次のスクリプトはうまくいきましたが、今度は出力ファイルにフォルダの名前を追加します。スクリプトはos.walkを使って現在の作業フォルダのサブディレクトリに移動し、サブディレクトリのフォルダ名を出力に追加します。できれば、出力ファイルの最初の行にフォルダ名だけを追加したい(パス全体ではない)。スクリプトの編集を手助けできるのは誰ですか? ありがとうございます!Python os.walk:出力するフォルダ名を追加する
import os
import csv
from itertools import chain
from collections import defaultdict
def get_file_values(find_files, output_name):
for root, dirs, files in os.walk(os.getcwd()):
if all(x in files for x in find_files):
outputs = []
for f in find_files:
d = {}
with open(os.path.join(root, f), 'r') as f1:
for line in f1:
ta = line.split()
d[ta[1]] = int(ta[0])
outputs.append(d)
d3 = defaultdict(list)
for k, v in chain(*(d.items() for d in outputs)):
d3[k].append(v)
with open(os.path.join(root, output_name), 'w+') as fnew:
writer = csv.writer(fnew)
for k, v in d3.items():
writer.writerow([k] + v)
get_file_values(['genes.gff.genespercontig.csv', 'hmmer.analyze.txt.results.txt'], 'output_contigsvsgenes.csv')