2017-03-28 6 views
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次のスクリプトはうまくいきましたが、今度は出力ファイルにフォルダの名前を追加します。スクリプトはos.walkを使って現在の作業フォルダのサブディレクトリに移動し、サブディレクトリのフォルダ名を出力に追加します。できれば、出力ファイルの最初の行にフォルダ名だけを追加したい(パス全体ではない)。スクリプトの編集を手助けできるのは誰ですか? ありがとうございます!Python os.walk:出力するフォルダ名を追加する

import os 
import csv 
from itertools import chain 
from collections import defaultdict 


def get_file_values(find_files, output_name): 
    for root, dirs, files in os.walk(os.getcwd()): 
     if all(x in files for x in find_files): 
      outputs = [] 
      for f in find_files: 
       d = {} 
       with open(os.path.join(root, f), 'r') as f1: 
        for line in f1: 
         ta = line.split() 
         d[ta[1]] = int(ta[0]) 
       outputs.append(d) 

      d3 = defaultdict(list) 
      for k, v in chain(*(d.items() for d in outputs)): 
       d3[k].append(v) 

      with open(os.path.join(root, output_name), 'w+') as fnew: 
       writer = csv.writer(fnew) 
       for k, v in d3.items(): 
        writer.writerow([k] + v) 

get_file_values(['genes.gff.genespercontig.csv', 'hmmer.analyze.txt.results.txt'], 'output_contigsvsgenes.csv') 

答えて

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os.listdir(path)を使用すると、すべてのサブディレクトリとファイル名を取得できます。

参照:https://docs.python.org/2/library/os.html

カレントディレクトリのos.listdir('.')os.listdir('../') 1つ上のレベルのディレクトリのために、例えば。

os.path.relpath('.','..')現在のディレクトリのフォルダ名が表示されます。

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