matlabで外部スクリプトを呼び出して出力をキャプチャする

Question

ちょっと、私はいくつかのファイルを読むことに基づいて文字列をエコーするbashコマンドを持っています。このように簡単に言ってください

for line in `cat file` 
do 
if [ "$line" == "IwantThisLine" ] 
then 
echo "True" 
fi 
done 

そして、私はそれを独自のスクリプトとして保存しました。それはreadRef.shと呼ばれます。だから私はmatlabでそれを呼び出すと、変数に出力するものを保存したい！私はそれを行う方法については完全にはわかりませんが、システム（）上でevalc（）を使用するとエラーが発生するようです。しかし、引用符をつぶすのは私だけかもしれません。

私は「bamfileは」bamfileのパスに単なる文字列である変数である

evalc(system(['./readRef.sh ' bamfile'])) 

のようなものを試してみました。

このエラーが発生します。

偶然、私がmatlab変数を設定したいものである「hg18」を吐き出します。

Answer 1

わかりました。私はあなたが必要とは思わないevalc。

[status, result] = system('echo True; echo "I got a loverly bunch of coconuts"') 

そしてresultは、だから

True 
I got a loverly bunch of coconuts 

を行います：

[status, result] = system(['./readRef.sh ' smplBamFile]) 

evalcが働いていない理由は、その入力を必要とすることであるsystem docsあなただけ行うことができますを読みます文字列にのMatlab式があるが、結果はである。。

あなたは試みることができる：

evalc("system(['./readRef.sh ' smplBamFile])") 

は、私は、文字列としてsystem(...)に渡している方法を参照してください？

Answer 2

system(...)は、出力されたコマンドの戻りコードを返します。

[~, output] = system(...) 
tes = evalc(output);