skbioを使用して圧縮FASTA bz2ファイルから読み取る

圧縮ファイル（FASTA bz2など）から読み込むことはできますか？私は通常skbio.sequence.Sequence.readを使用しますが、このオプションは表示されません。skbioを使用して圧縮FASTA bz2ファイルから読み取る

ありがとうございます！

出典

2016-06-23 Jenya Kopylova

SeqIO.parse（in_f、 "fasta"）のsのために、in_f：としてbz2.BZ2File（fna_bz2、 "r"）を使って、SeqIO.parseのskbioの代替を探しています:)ありがとうございます！ –

これは、次のように行うことが可能です：

import skbio 
seq = skbio.io.read("seqs.fna.bz2", format='fasta', compression='bz2', into=skbio.DNA)

私はscikitバイオ0.5.0を使用していますが、これは同様に、以前のバージョンで可能でなければなりません。私は明示的に圧縮タイプを定義していますが、一般的には必要ありません。

関連ドキュメントはhereとhereです。

出典

2016-06-23 15:57:09 gregcaporaso

注意すべき事項：1）上記の例では手続き型APIを使用しています。オブジェクト指向APIを等価的に使用して、これを行うことができます（例： 'skbio.Sequence.read（" seqs.fna.bz2 "）'。 2）scikit-bioは、使用されるファイル拡張子にかかわらず、圧縮タイプとファイルフォーマットを推測しようとします。 – jairideout

ファイル内の複数のエントリでどのように動作するのですか？ –

skbioを使用して圧縮FASTA bz2ファイルから読み取る

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