sbmlの式をプログラムコード

Question

に翻訳します。私はsbmlを初めて使用しています。私は本当に混乱しています。

Runge KuttaでODEを解決したい。 ODEはSBMLファイルに格納されます。 ファイルの一部は

<listOfReactions> 
    <reaction id="growth_P" reversible="false" fast="false"> 
    <listOfReactants> 
     <speciesReference species="P" constant="false"/> 
    </listOfReactants> 
    <listOfProducts> 
     <speciesReference species="P" constant="false"/> 
    </listOfProducts> 
    <kineticLaw> 
     <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"> 
     <apply> 
      <times/> 
      <ci> Rp </ci> 
      <ci> P </ci> 
     </apply> 
     </math> 
     <listOfLocalParameters> 
     <localParameter id="Rp" value="1" units="per_second"/> 
     </listOfLocalParameters> 
    </kineticLaw> 
    </reaction> 
.... 
</listOfReactions> 

次これは、反応のdP/dtを=ルピア* P

を記述する必要があり、ここに私の問題が来る見えます。私は

だから最良のオプションは

Product = evaluate_sbml_formula(formula,value_of_reactant) 

私はSBMLを読むような関数になります（何のpython/C++、）私のプログラムが対処することができます式にSBML式を変換する方法がわかりませんそれを見つけることができませんでした。

ご意見はありますか？ ありがとう

Answer 1

SBMLファイル全体を見ることなく、解決するODEのセットを構築するのは難しいです。私のPythonコース（1）では、PythonでSBMLファイルを解決するためにlibSBML（pypi/anacondaパッケージとして利用可能）を使用しました。私はそれが

を役に立てば幸い

https://www.dropbox.com/s/2bfpiausejp0gd0/convert_reactions.py?dl=0

：その後、scipyのダウンロードで解決されるODEのにSBMLを変換したファイルへのリンクここで