私はcondasを通じてインストールされたR環境を持っています（私は現在jupyterノートでRを使用しています。私はこれを実現するための正しいコマンドは私のパッケージのメタデータをフェッチ次のエラーcondadaを介してインストールされたRのバージョンにdada2をインストールします
を与える
conda install -c bioconda bioconductor-dada2
で、このサイトhttps://anaconda.org/bioconda/bioconductor-dada2を1としてR.
のこのバージョンでdada2使用したいと思います。 ............ パッケージ仕様を解決する：。
UnsatisfiableError: The following specifications were found to be in conflict: - bioconductor-dada2 -> bioconductor-biostrings >=2.32.1 -> bioconductor-biocgenerics >=0.15.6 -> r 3.3.1* -> r-base 3.3.1 - r-glue Use "conda info " to see the dependencies for each package.
私はconda info package r-glueを実行する場合、私はそれがR-ベース3.4.1に依存していることがわかります。
代替アプローチ：
私もRに入ると、そこからインストールしようとしたが、私はRパッケージをインストールするには、すべてのパッケージを取得することはできません
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("dada2")
私には本当に長い出力が得られますが、それだけでは不十分な依存関係がエラーを返すことになります。
他のものと最後に
ERROR： 'Biostrings'、 'ShortRead'、 'RcppParallel'はパッケージ 'dada2'で利用できません */home/jacob/anaconda3/lib/R/library/dada2 '
The downloaded source packages are in ‘/tmp/Rtmptx8OqE/downloaded_packages’ Updating HTML index of packages in '.Library' Making 'packages.html' ... done Old packages: 'curl', 'dplyr', 'foreign', 'haven', 'httpuv', 'mgcv', 'purrr', 'Rcpp', 'TTR', 'xts' Update all/some/none? [a/s/n]:
また、すべての更新も失敗します。
Rでcondadaを使ってdada2を使用しようとしないで、ちょうどcondasに依存しないRを使うと正解でしょうか、それとも何か迷っていますか？
私はRバージョン3.4.1をubuntu linux 16.04とconda 3.2.23で実行しています。これは価値があります。