2017-08-02 11 views
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私は、2000個近くのサンプルを持つhclustツリーを持っています。私は適切な数のクラスターにカットし、樹形図をプロットしたいと思いますが、高さを終えて、個々のリーフまでずっとずっとクラスターをカットします。すべての作図ガイドは、すべての葉をクラスターで塗りつぶしたり、ボックスを描いたりすることについてのものですが、カットラインの下の葉を完全に外に出すようなものはありません。私の完全な樹形図は次のようになりますすべての葉ではなく、切断されたクラスタのみにhclustをプロットする

Full Dendrogram

私は(例えば)ここablineを描いたところ、それが停止したかのようにそれをプロットしたいと思います:

enter image description here

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@ Dave2e私は既に、私が望むクラスタにカットするためにcutree関数を使用しましたが、私が知る限り、私がカットした場所にプロットする方法はありません。 –

答えて

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これはあなたが開始するはずです。あなたが上位をプロットすることができ、樹状図のオブジェクト(ないhclustオブジェクト)にカットを行うことにより

hc <- hclust(dist(USArrests)) 
dend1 <- as.dendrogram(hc) 
plot(dend1) 
dend2 <- cut(dend1, h = 100) 
plot(dend2$upper) 
plot(dend2$upper, nodePar = list(pch = c(1,7), col = 2:1)) 

:私は、ヘルプページからここで「系統樹」のために

をヘルプページを読んでは一例であることを示唆していますデンドログラムの一部分析に応じて、ブランチ1,2,3、および4のラベルを置き換える作業が必要になります。

幸運。

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ありがとう、これは私のそこにほとんどの方法を得て、今私はちょうど私の枝ラベルが整列していない理由を把握する必要があります! -edit-デンドログラムページごとに、「中心」パラメータが必要でした。ありがとう。 –

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