gpubrでstat_compare_meansを使用してwilcox.test代替を指定してください

Question

gpubrのRのstat_compare_means（）プロット関数を使用していますが、wilcoxの左尾（または代替= "less"）仕様を指定しようとしています。テスト。残念ながら、私は私にそうする能力を与える機能を得ることができません。

誰かが代替案を指定するのに役立つだろうか？

私はgpubr githubアカウントに問題を記載しましたが、これに関するフィードバックはまだ届いていません。

いずれのアイデアも素晴らしいでしょう。

MWEは、次のとおりです。

library(dplyr) 
library(ggpubr) 
library(ggplot2) 

Mockdata <- bind_cols(data.frame(date = rep(seq(as.Date("2003/01/01"), as.Date("2003/12/01"), "months"), 6)) %>% arrange(date), 
        data.frame(Universe = rep(c("SPEURO", "SP500", "World"),24), Measure = rep(c("EBITDA", "GM"), 36), Value = rnorm(72, 5, 2))) %>% mutate_at(.vars= vars(Measure, Universe), .funs = funs(as.character))   

Median <- Mockdata %>% group_by(Universe, Measure) %>% summarise(Median.Measure = median(Value)) %>% filter(Universe == "JALSHAll") 

# Boxplot: 
ggboxplot(Mockdata, x = "Universe", y = "Value", color = "Universe", add = 
"jitter", legend = "none", facet.by = "Measure",) + 
stat_compare_means(aes(label = paste0("KW: p = ", ..p.format..))) 

Answer 1

は、パッケージggsignifで見つかったgeom_signifを使用して、以下の可能な解決策を参照してください。

library(ggsignif) 

ggboxplot(Mockdata, x = "Universe", y = "Value", color = "Universe", add = "jitter", legend = "none", facet.by = "Measure",) +       
stat_compare_means(aes(label = paste0("KW: p = ", ..p.format..)), label.y.npc = "bottom") + 
geom_signif(test = "wilcox.test", test.args = list(alternative = "less", paired = TRUE), 
      comparisons = list(c("SPEURO", "SP500"), c("SPEURO", "World")), 
      vjust = 0, step_increase = 0.12, map_signif_level = TRUE) 

追加のテスト引数はtest.argsパラメータで指定することができます。