2017-05-28 7 views
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私は以下を使用しています: Rバージョン:3.3.3。
OS:EC2のRHEL 7.3。
RMysqlをインストールしようとしています。
だから、R端子に私は、コマンドを発行:install.packagesは(「RMySQL」)エラーインストールRMysql RHEL 7.3

最初の試みは失敗したとlibmysqlclientのが見つかりませんでしたというエラーが発生しました。

Using PKG_LIBS=-lmysqlclient 
------------------------- ANTICONF ERROR --------------------------- 
Configuration failed because libmysqlclient was not found. Try installing: 
* deb: libmariadb-client-lgpl-dev (Debian, Ubuntu 16.04) 
     libmariadbclient-dev (Ubuntu 14.04) 
* rpm: mariadb-devel | mysql-devel (Fedora, CentOS, RHEL) 
* csw: mysql56_dev (Solaris) 
* brew: mariadb-connector-c (OSX) 
If libmysqlclient is already installed, check that 'pkg-config' is in your 
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a libmysqlclient.pc file. If pkg-config 
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via: 
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...' 
-------------------------------------------------------------------- 
ERROR: configuration failed for package ‘RMySQL’ 
* removing ‘/usr/lib64/R/library/RMySQL’ 

The downloaded source packages are in 
    ‘/tmp/Rtmpx1vsUG/downloaded_packages’ 
Updating HTML index of packages in '.Library' 
Making 'packages.html' ... done 
Warning message: 
In install.packages("RMySQL") : 
    installation of package ‘RMySQL’ had non-zero exit status 

私はmysql-develをインストールしました。 (sudo yum install mysql-devel)

これ以降、もう一度RMysqlをインストールしようとしています。 しかし、それは再び機能しません。 PKG_LIBS -lmariadbで何か問題があります。

GCC -m64 -std = gnu99 -shared -Lの/ usr/lib64に/ R/-Wl LIB、-z、relro -o RMySQL.so RMySQL-init.o connection.o DB-apply.o lib/lib/ll-lib/lib -lR /binディレクトリには、次のディレクトリがあります。/ld:-lmariadbを見つけることができません

ここにはR出力全体があります。

* installing *source* package ‘RMySQL’ ... 
** package ‘RMySQL’ successfully unpacked and MD5 sums checked 
Found mysql_config cflags and libs! 
Using PKG_CFLAGS=-I/usr/include/mysql -I/usr/include/mysql/mysql 
Using PKG_LIBS=-L/usr/lib64/ -lmariadb -lpthread -ldl -lm -lssl -lcrypto 
** libs 
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -I/usr/include/mysql -I/usr/include/mysql/mysql -I/usr/local/include -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -c RMySQL-init.c -o RMySQL-init.o 
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -I/usr/include/mysql -I/usr/include/mysql/mysql -I/usr/local/include -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -c connection.c -o connection.o 
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -I/usr/include/mysql -I/usr/include/mysql/mysql -I/usr/local/include -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -c db-apply.c -o db-apply.o 
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -I/usr/include/mysql -I/usr/include/mysql/mysql -I/usr/local/include -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -c driver.c -o driver.o 
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -I/usr/include/mysql -I/usr/include/mysql/mysql -I/usr/local/include -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -c exception.c -o exception.o 
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -I/usr/include/mysql -I/usr/include/mysql/mysql -I/usr/local/include -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -c fields.c -o fields.o 
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -I/usr/include/mysql -I/usr/include/mysql/mysql -I/usr/local/include -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -c result.c -o result.o 
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -I/usr/include/mysql -I/usr/include/mysql/mysql -I/usr/local/include -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -c utils.c -o utils.o 
gcc -m64 -std=gnu99 -shared -L/usr/lib64/R/lib -Wl,-z,relro -o RMySQL.so RMySQL-init.o connection.o db-apply.o driver.o exception.o fields.o result.o utils.o -L/usr/lib64/ -lmariadb -lpthread -ldl -lm -lssl -lcrypto -L/usr/lib64/R/lib -lR 
/bin/ld: cannot find -lmariadb 
collect2: error: ld returned 1 exit status 
make: *** [RMySQL.so] Error 1 
ERROR: compilation failed for package ‘RMySQL’ 
* removing ‘/usr/lib64/R/library/RMySQL’ 

The downloaded source packages are in 
    ‘/tmp/RtmpYEs7XA/downloaded_packages’ 
Updating HTML index of packages in '.Library' 
Making 'packages.html' ... done 
Warning message: 
In install.packages("RMySQL") : 
    installation of package ‘RMySQL’ had non-zero exit status 

答えて

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これで最終的に私はこの問題を解決します。 自分:)の誇り

I mariadb-develのが

をインストールしていた

名:MariaDB-develの
アーチ:x86_64版
バージョン:10.2.6
リリース:1.el7.centos

libmariadb.soは見逃していました。 代わりに私はlibmariadbclient.aを持っていました。

**建物パッケージ指数
*:RMysqlのこのインストールがsuccesfullの後

sudo ln -s /usr/lib64/libmariadbclient.a /usr/lib64/libmariadb.a 

:(/usr/lib64/libmariadbclient.aは)
は、だから私は、シンボリックリンクを作成する必要がありましたインストールパッケージをロードすることができる場合*テスト
* DONE(RMySQL)
メイキング 'のpackages.html' ...行って

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