データフレーム内の連続する行の選択... r

Question

データフレーム内でいくつかの操作を実行する必要があります。少し具体的ですが、実行方法がわかりません。ので、私の問題は、私はこの1つのデータフレームを作成する必要があるということですが、私はデータ$ PVALに応じて連続した行を結合する必要があり、

x<-seq(1:250) 
pos<-seq(1000,1249,1) 
pval<-c(rep(0.25,40),rep(0.0001,10),rep(0.14,100),rep(0.0005,20),rep(0.58,10),rep(0.00001,20),rep(0.85,50)) 
len<-rep(0.1,250) 
nsnp<-rep(33.7,250) 
data<-data.frame(cbind(x,pos,pval,len,nsnp)) 

まあ：ここではいくつかのデータです。すなわち、データ$ xでソートすると、データ$ pval < = 0.05を持つすべての連続する要素に参加する必要があります。そして、実行：0.05

合計0.05

よりデータ$ PVAL <を持つすべての連続したデータ$ LEN =よりデータ$ PVAL < =との最初と最後の連続した要素間のデータ$ POSの

1. 平均を合計データ$ PVAL < =を持つすべての連続したデータ$ nsnp 0.05

よりも、私たちのデータフレーム（データ）で連続したデータ$ xに番号の3つの領域があるので、最終的なデータベースは次のようになります必要があります。

 pos len nsnp 
[1,] 1044.5 1 337 
[2,] 1159.5 2 674 
[3,] 1189.5 2 674 

この数字は次のように求めることができる。

data2<-subset(data,data$pval<=0.05) 
mean(data2$pos[data2$pos>=1040 & data2$pos<=1049]) 
sum(data2$len[data2$pos>=1040 & data2$pos<=1049]) 
sum(data2$nsnp[data2$pos>=1040 & data2$pos<=1049]) 
mean(data2$pos[data2$pos>=1150 & data2$pos<=1169]) 
sum(data2$len[data2$pos>=1150 & data2$pos<=1169]) 
sum(data2$nsnp[data2$pos>=1150 & data2$pos<=1169]) 
mean(data2$pos[data2$pos>=1180 & data2$pos<=1199]) 
sum(data2$len[data2$pos>=1180 & data2$pos<=1199]) 
sum(data2$nsnp[data2$pos>=1180 & data2$pos<=1199]) 

私は私の問題が理解されている今、願っています。私の問題は、データ$ xに従って連続する行を選択する方法が見つからないということです。私の例では、これらの連続した行は：pos 1040-1049、pos 1150-1169およびpos 1180-1199です。

Answer 1

次のようにそうではないならば、我々は連続しpos値でグループ化することができ、しかし

library(dplyr) 
data2 %>% 
    group_by(pval) %>% 
    summarise(pos = mean(pos), len = sum(len), nsnp = sum(nsnp)) 
# A tibble: 3 × 4 
# pval pos len nsnp 
# <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> 
#1 1e-05 1189.5  2 674 
#2 1e-04 1044.5  1 337 
#3 5e-04 1159.5  2 674 

、これがそう dplyrを使用して、 pvalによってグループ化することによって行うことができるようです、

library(dplyr) 
data2 %>% 
    group_by(new = cumsum(c(1, diff(pos) != 1))) %>% 
    summarise(pos = mean(pos), len = sum(len), nsnp = sum(nsnp)) 
# A tibble: 3 × 4 
# new pos len nsnp 
# <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> 
#1  1 1044.5  1 337 
#2  2 1159.5  2 674 
#3  3 1189.5  2 674 

Answer 2

あなたはとてもとしてデータフレームdをサブセットすることができます：データフレームをサブセット化する方法について

d[d$variable <= 0.05,] 

グーグルRのrefcard。残りの部分を達成するための基本的なRガイドをお読みください。

幸運