MySQLサーバーがdelayed_jobタスクでエラーを発生しました

Question

Mysql2::Error: MySQL server has gone awayエラーのために、delayed_jobプロセスが特定の状況で停止するシナリオをデバッグしようとしています。

私の設定はちょっと複雑ですが、私は基本的なことを考えてみました。 ClustalwFlowTaskクラスのrunメソッドは、バックグラウンドジョブとして処理されます。これは基本的にclustalw2コマンド（DNAとタンパク質の複数の配列アライメントを行うプログラム）を実行します。

コマンドの詳細と実行中に発生するエラーは、flow_tasksテーブルに記録され、delayed_jobで捕捉されませんupdate_attributeステートメント）。

require 'open3' 
class ClustalwFlowTask < FlowTask 

    def run 
    # setup code ------ 

    # fasta is a file object 
    cmd = "clustalw2 -INFILE=#{fasta.path}" 

    Rails.logger.info "[INFO #{Time.now}] #{self} running #{cmd}" 
    #update_attribute(:command, cmd) 

    raw_stdin, raw_stdout, raw_stderr = Open3.popen3(cmd) 

    Rails.logger.info "*********** RAW STDERR: #{raw_stderr} ************" 

    stdin, stdout, stderr = [raw_stdin, raw_stdout, raw_stderr].map do |io| 
     s = io.read.strip rescue nil 
     io.close 
     s 
    end 

    Rails.logger.info "*************** #{stderr} *******************" 
    unless stderr.blank? 
     Rails.logger.info "============ THERE IS AN ERROR ============" 
     #update_attribute(:error, stderr) 
     return false 
    end 

    # more code here ----- 
end 

ユーザーがclustalw2バイナリがインストールされていないときに奇妙な行動が開始方法で標準エラー出力変数が空白でない場合、それはです。デバッグ中に#runメソッドのすべてのupdate_attributeステートメントのコメントを外したので、明らかなMySQL関与はありません。 （私の最初の勘の一つは、標準エラーメッセージが大きすぎるか、MySQLサーバをシャットダウンする原因となる何かが含まれていますが、それはケースのように思われないということでした）

delayed_jobログには以下が含まれています。

2012-03-26T09:19:25-0700: [Worker(delayed_job host:JadeDragon.local pid:8998)] ClustalwFlowTask failed with ActiveRecord::StatementInvalid: Mysql2::Error: closed MySQL connection: DELETE FROM `delayed_jobs` WHERE `delayed_jobs`.`id` = 107 - 0 failed attempts 

ここでは、delayed_jobがdbから成功したタスクを削除しようとしましたが、mysql接続が切断されているため、これを実行できませんでした。これは、ClustalwFlowTask#runコード内のreturn falseステートメントの後に発生します。遅延されたジョブに従って、タスクが正常に終了するからです。

開発・ログには、これを持っている：

================ THERE IS AN ERROR ================ 
    (0.5ms) BEGIN 
Mysql2::Error: MySQL server has gone away: BEGIN 
    SQL (0.2ms) DELETE FROM `delayed_jobs` WHERE `delayed_jobs`.`id` = 110 
Mysql2::Error: closed MySQL connection: DELETE FROM `delayed_jobs` WHERE `delayed_jobs`.`id` = 110 
    (0.1ms) ROLLBACK 
Mysql2::Error: closed MySQL connection: ROLLBACK 
    (0.1ms) BEGIN 
Mysql2::Error: closed MySQL connection: BEGIN 
    (0.1ms) ROLLBACK 
Mysql2::Error: closed MySQL connection: ROLLBACK 
closed MySQL connection 

私はこれをデバッグする方法についてのアイデアを実行していますので、任意の助けをいただければ幸いです。

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