NIfTiオブジェクトのイメージ数を取得する方法は？ （ニバーベル）

Question

私は、ディコームファイルのディレクトリから生成されたNiftiオブジェクトを持っています。 Niftiはいくつのフレームを保持しているかを知っている必要がありますが、ヘッダー情報で見つかるものはすべて形状です。問題は、形状が時々（num_images、x、y）と時（x、y、num_images）であることです。

私が見つけた唯一のニバーベル機能は、Ecatライブラリのどこに関連していますか？私はecat形式に精通していませんが、私の方法は任意のniiファイルで動作するようにしたいです。私はnibabelライブラリを使って作業しています。

Niftiファイルの画像数を取得する方法はありますか？

Answer 1

私はfMRI、DTIまたはASLデータを検討していると思います。

あなたの4D niiスタックが「data.nii」と呼ばれているとします。

ただ、そのディレクトリに移動してください：

mri = nib.load('data.nii')

mri.shape

ご覧の4番目の要素は、ボリュームの数になります。プログラムに何らかの目的で必要な場合は、それに応じてmri.shape[3]にアクセスできます。

これは私のために一貫して動作します。あなたのデータが一貫性のない向きで「積み重ねられている」場合、あなたは空想を得なければなりません。

画像の次元に基づいて小切手を含めることができます。たとえば、画像が128x128x128であることが分かっている場合は、mri.shapeの要素が128ではない要素を取得できますが、このアプローチはいくつかの理由で最適ではありません。