光沢のあるrmarkdownにパラメータを渡す

Question

私は長い間このサイトを読んできましたが、私の最初の質問はここにあります。 私は光沢のあるファイルにデータをインポートするのに数日間苦労しました。

私は他の方法にもオープンしていますが、最終的にはウェブサイトにリンクする必要があります。 データが出力されるファイルは、ユーザーのコンピュータにあります。

私の最新の試みは、この..です

これは、エラーを取得します。

"Error: cannot open the connection" when I click on the link.

は、HTML：私が見つけた

--- 
title: "x" 
author: "x" 
date: "x" 
output: html_document 
runtime: shiny 
params: 
    filename: "<link on desktop which works when running in desktop rstudio>" 
--- 

```{r echo=FALSE, comment=NA} 
print(paste("x",params$filename,sep=" ")) 
A<-read.delim(params$filename,header=T,sep="\t") 
. 
. 
. 

Answer 1

：Rmarkdownファイルから

<input type="file" id="files" name="files[]" multiple /> 
<output id="list"> 
<a href="https://<myName>.shinyapps.io/<myShinyRmarkdownFile>/?"id>linkText</a> 
</output> 

ビット私が望むことをする方法を、th質問のタイトルはおそらく誤解を招いていました。私はデータを光沢のあるものにしたいと思っていました。それで、分析してpdfを作ることができました。

次のデータは、YouTubeのビデオと対応するserver.Rファイルを輝かしくするのに役立ちました。

https://www.youtube.com/watch?v=HPZSunrSo5M

https://github.com/aagarw30/R-Shinyapp-Tutorial/blob/master/fileinput/server.R

おかげで、 ジョン

編集：

server.Rファイルは以下の通りです：

library(shiny) 
# use the below options code if you wish to increase the file input limit, in this example file input limit is increased from 5MB to 9MB 
# options(shiny.maxRequestSize = 9*1024^2) 

shinyServer(function(input,output){ 

    # This reactive function will take the inputs from UI.R and use them for read.table() to read the data from the file. It returns the dataset in the form of a dataframe. 
    # file$datapath -> gives the path of the file 
    data <- reactive({ 
    file1 <- input$file 
    if(is.null(file1)){return()} 
    read.table(file=file1$datapath, sep=input$sep, header = input$header, stringsAsFactors = input$stringAsFactors) 

    }) 

    # this reactive output contains the summary of the dataset and display the summary in table format 
    output$filedf <- renderTable({ 
    if(is.null(data())){return()} 
    input$file 
    }) 

    # this reactive output contains the summary of the dataset and display the summary in table format 
    output$sum <- renderTable({ 
    if(is.null(data())){return()} 
    summary(data()) 

    }) 

    # This reactive output contains the dataset and display the dataset in table format 
    output$table <- renderTable({ 
    if(is.null(data())){return()} 
    data() 
    }) 

    # the following renderUI is used to dynamically generate the tabsets when the file is loaded. Until the file is loaded, app will not show the tabset. 
    output$tb <- renderUI({ 
    if(is.null(data())) 
     h5("Powered by", tags$img(src='RStudio-Ball.png', heigth=200, width=200)) 
    else 
     tabsetPanel(tabPanel("About file", tableOutput("filedf")),tabPanel("Data", tableOutput("table")),tabPanel("Summary", tableOutput("sum"))) 
    }) 
}) 

"重要なビット"：

data <- reactive({ 
     file1 <- input$file 
     if(is.null(file1)){return()} 
     read.table(file=file1$datapath, sep=input$sep, header = input$header, stringsAsFactors = input$stringAsFactors) 


# [ john's edit: more code can be put here to alter data before passed to data(). eg: 
# o=read.delim(file=file1$datapath) 
# convertData(o) 
#] 

     }) 

反応的な意味で、入力ファイル$ file（つまりファイルチューザー）を待ってから、選択したファイルを読み込みます。個人的には、私はread.tel（...）ではなくread.delim（....）を使います。データ（データフレーム）は現在「データ（）」に格納され、そのように呼ばれます。したがって：

output$table <- renderTable({ 
     if(is.null(data())){return()} 
     data() 
     }) 

上記のことは、表示する前にdata（）にデータがあることを確認することに注意してください。

データは、（）と同じで関数に渡すことができるデータフレームのとおりであった：私は長い時間のために困惑していたもう一つの問題は、PDFファイルをレンダリング/エクスポートする方法である

new.dataframe=do.something.with.the.data(data()) 

。

output$download_pdf <- downloadHandler(
    filename = function() { 
     paste('pdf_name', sep = '.','pdf') 
    }, 

    content = function(file) { 
     src <- normalizePath('rmarkdownFile.Rmd') 
     print(paste("src",src,sep=": ")) 
     owd <- setwd(tempdir()) 
     on.exit(setwd(owd)) 
     file.copy(src, 'rmarkdownFile.Rmd') 

     df.A=data.frame(functionA(data())) 
     df.B=data.frame(functionB(data())) 

     out=rmarkdown::render('rmarkdownFile.Rmd',pdf_document()) 
     file.rename(out,file) 
    } 
) 

私は例えば、それがすべて働い持っていませんでした、あなたはそれを名前を変更する最初のファイルをコピーすることになって、それが問題を引き起こしているようですしている、私は今のためにそれを残してきました。

df.Aとdf.Bは、rmarkdownファイルに渡されるデータフレームです。他に何もする必要はありません。 rmarkdownの中では、通常のようにそれらを使用してください。

あなたの家のコンピュータで（上の設定で）pdfがプロジェクトディレクトリに保存されます。 shinyapps.ioでアップロードされたアプリケーションとして使用すると、ファイル保存場所ウィンドウが表示されます。

私は上記が役立つことを願っています。