2011-06-30 23 views
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R(2.13.0)にpaleoTSを読み込み、fit3models.joint関数を使用しようとしましたが、できません。私は再インストールしようとしましたが、paleoTSはすでにそこにあります!ヘルプの感謝:paleoTS関数が機能しないのはなぜですか?

Error: could not find function "fit3models.joint" 
> utils:::menuInstallPkgs() 
Warning: package 'paleoTS' is in use and will not be installed 

答えて

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まだ十分ではありません。 fit3models.jointpaleoTSパッケージの関数であるという証拠は見当たりません:fit3models ...という意味ですか?またはfit3models(...,method='Joint')(返信用?fit3models

install.packages("paleoTS") 
library("paleoTS") 
ls(pos=2) 
[1] "add.OU.curves"   "akaike.wts"   "as.paleoTS"   
[4] "as.paleoTSfit"   "cat.paleoTS"   "compareModels"   
[7] "fit3models"   "fitGpunc"    "fit.sgs"    
[10] "IC"     "ln.paleoTS"   "logL.covTrack"   
[13] "logL.GRW"    "logL.joint.GRW"  "logL.joint.OU"   
[16] "logL.joint.punc"  "logL.joint.punc.omega" "logL.joint.Stasis"  
[19] "logL.joint.URW"  "logL.Mult"    "logL.Mult.covTrack" 
[22] "logL.punc"    "logL.punc.omega"  "logL.SameMs"   
[25] "logL.SameVs"   "logL.sgs"    "logL.sgs.omega"  
[28] "logL.Stasis"   "logL.URW"    "LRI"     
[31] "lynchD"    "mle.GRW"    "mle.Stasis"   
[34] "mle.URW"    "opt.covTrack"   "opt.covTrack.Mult"  
[37] "opt.GRW"    "opt.GRW.shift"   "opt.joint.GRW"   
[40] "opt.joint.OU"   "opt.joint.punc"  "opt.joint.Stasis"  
[43] "opt.joint.URW"   "opt.punc"    "opt.RW.Mult"   
[46] "opt.RW.SameMs"   "opt.RW.SameVs"   "opt.sgs"    
[49] "opt.Stasis"   "opt.URW"    "ou.M"     
[52] "ou.V"     "plot.paleoTS"   "pool.var"    
[55] "read.paleoTS"   "shift2gg"    "shifts"    
[58] "sim.covTrack"   "sim.GRW"    "sim.GRW.shift"   
[61] "sim.OU"    "sim.punc"    "sim.sgs"    
[64] "sim.Stasis"   "split4punc"   "std.paleoTS"   
[67] "sub.paleoTS"   "test.var.het"   
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おかげで例を見るに基づく。まあ、それはR 2.8.0を搭載したMacで動作しますので、私はそれがページ上。ハントとCarrano(2010)の状態だと思います253:「三つのモデルがフィットしpaleoTSパッケージから適切な 関数用いて比較することができる:。 fit3models.joint(cantiusL) fit3models.joint(cantiusLW)をこれらの二つの関数呼び出しから 出力を表2に を要約します。 m1の長さの場合、指向性 の進化は、ランダムウォークモデル(より高い対数尤度、より )AICC) " –

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パッケージはおそらく過去2年間で変更されています(2.8.0は2.5歳で、2010年に公開された論文はおそらく2009年に作成されました)。 '?fit3models'を読むことはあなたに手がかりを与えますか? 'fit3models(cantiusL、method =" Joint ")は、上記で指定した最初のコマンドと同等であると強く疑うでしょう... –

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乾杯。それは素晴らしいです - それは確かに同じであるようです。しかし、それがしないのはモデルパラメータを出力することです。ヘルプページhttp://127.0.0.1:25160/library/paleoTS/html/fit3models.htmlに「silent = TRUEの場合、リストは同じデータフレームを持つ 'modelFits'要素とともに返され、パラメータをすべてのパラメータ推定値のサブ要素と一緒に使用しますが、サイレント= TRUEではなく、すべての出力を停止するように見えます(「サイレント」から期待するもの)。 –

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