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docsによれば、ClientClientツールを使用してClientCertEnabledを設定できます。現在はhttps://resources.azure.comを使用しても、それをARMテンプレートのプロパティとして設定することもできます。PowerShellによるAzure WebアプリケーションのTLS相互認証の設定方法
Azure PowerShellで直接設定する可能性はありますか? Get-AzureRmWebApp
でアプリを取得すると、ClientCertificatesが有効かどうかもわかります。