アレン・ブレイン・インスティテュート - 脳の天文台の例

Question

私はbrain observatory ipython notebookの例に従おうとしています。

しかし、私は以下のようにnwbファイルをロードしてしまいました。

from allensdk.core.brain_observatory_cache import BrainObservatoryCache 
boc = BrainObservatoryCache(manifest_file='boc/manifest.json') 

data_set = boc.get_ophys_experiment_data(501940850) # problem here 

だから、私はHDFviewでnwbファイルを開きました。

を除いて、すべて脳の観測所nwbのファイルが開かれませんでした。

私は、アレンのipythonノートブックの例で502376461.nwbを開こうとしましたが、それは機能しました！しかし、他の人（501940850、503820068 ...）は上記のように失敗しました。 githubのからスレッドをまとめる

Answer 1

：

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/22

ファイルが部分的にダウンロードまたは何らかの形で破損しました。ダウンロード中に例外は報告されなかったので、urllibは問題に気付かなかったはずです。

AllenSDKの開発者は、ある種のファイル一貫性チェックや別のHTTPライブラリを調査しています。

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/28

他の人がこのした場合は、あなたが悪いのファイルを削除することができますし、ダウンロード機能（BrainObservatoryCache.get_ophys_experiment_data）を再実行します。ファイルは、BrainObservatoryCache manifest fileのサブディレクトリにダウンロードされます。指定されていない場合、現在の作業ディレクトリがデフォルトになります。