データベース内のすべての画像を同じボクセルサイズに再サンプリング

Question

私は3つのdicomスタックのサイズが512x512x133, 512x512x155 and 512x512x277です。私はすべてのスタックをresampleして、サイズを512x512x277, 512x512x277 and 512x512x277にしたいと思います。どうやってするか？

スライスの太さとピクセル間隔を使ってリサンプリングを行うことができます。しかし、それはそれぞれのケースで同数のスライスを保証するものではありません。

Answer 1

あなたは、このような各軸のズーム因子の配列を指定して、scipy.ndimage.interpolate.zoomを使用することができます。

# example for first image 
zoomArray = desiredshape.astype(float)/original.shape 
zoomed = scipy.ndimage.interpolate.zoom(original, zoomArray) 

はUPDATE：

ことが遅すぎる場合、あなたは別にイメージを作成するために何とかしようとすることができあなたの「イメージキューブ」の垂直スライスを作成し、高速イメージライブラリ（ImageMagickが好きな人や、PILやopencvなどもあります）を使ってそれらを処理し、それらを再びスタックします。そうすれば、512x133のサイズの画像を512枚撮り、512x277にサイズ変更してから、もう一度512x512x277にスタックして最終的に必要なサイズにします。また、この分離によって並列化が可能になります。これは、横軸（2D画像をスライスする軸）がリサイズされない場合にのみ機能します。