R内のフォルダ内のすべてのファイルをループするR

Question

フォルダからすべてのファイルをインポートし、ファイルを変換してから同じ名前でエクスポートしますが、別の拡張子を付けてエクスポートします。私は150個のネクサスファイル（.nex）はFASTAファイルに変換したい私の特定のケース（.fasta）

ではこれは私がそれを一つずつをすれば、コードがどのように見えるかです：

library(ape) 
gen1 <- read.nexus.data("gen1.nex") #import nexus file 
write.dna(gen1, file = "./fastas/gen1.fasta", format = "fasta") #export fastafile 

しかし、今私for-loopを1回の実行で150のファイルすべてを実行させることに失敗します。これは私が試したものです：

library(ape) 
filenames = dir(pattern="*.nex") 
for (i in filenames){ 
i <- read.nexus.data(i) 
write.dna(i, file = "./fastas/i.fasta", format = "fasta") 
} 

私はこのコードを実行すると、私は唯一の「i.fasta」という名前のファイルではなくgen1.fastaという名前のファイル150、gen2.fasta、DNAsequence1.fasta、DNAsequence2.fastaを取得しますどのようにfor-loopを変更して正しく動作させるべきですか？ペースト機能を使用する場合に

Answer 1

あなたは1が必要です）FASTAファイル名、2を与える文字列内のiの値が含まれる）、あなたをロードしているときiを書き換えませんネクサスファイル。

library(ape) 
filenames = dir(pattern="*.nex") 
for (i in filenames){ 
    dat <- read.nexus.data(i) 
    write.dna(dat, file = sprintf("./fastas/%s.fasta", i), format = "fasta") 
} 

Answer 2

ソリューションは非常に簡単です：

library(ape) 
filenames = dir(pattern="*.nex") 
for (f in filenames){ 
    i <- read.nexus.data(f) 
    write.dna(i, file = paste0("./fastas/",f,".fasta"), format = "fasta") 
}